SRAtoolkit套件中提供了prefetch命令用于下载SRA文件，下面就介绍下怎么样下载和使用：

选择合适的压缩包

我们先进入ncbi的官网 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，在主界面进入Download -> Download Tools -> SRA Toolkit -> Download, 这里需要主要下载的版本，比如我是Linux版本，那就下载CentOS Linux 64 bit architecture版本。

屏幕截图 2021-03-26 161607.jpg

下载安装包

下载可以用Linux的wget命令

mkdir ~/SRAToolkit   #本地新建一个目录
cd  SRAToolkit/
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz #使用wget命令下载

配置环境变量

tar xzvf sratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz  #解压
echo 'export PATH=$PATH:$HOME/SRToolkit/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin ' >> ~/.bashrc #写入到bashrc
source ~/.bashrc
vdb-config --interactive  #出现的窗口按x

下载sra文件

• 单个reads的下载

prefetch SRR4407797

• 多个sra文件的下载
  先需要vi新建一个txt文件，里面加入sra号

vi ./SRR_Acc_List.txt  #add sra num
prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt

接下来下载的文件在~/ncbi/public/sra/