sam转bam
运行samtools view -@ 16 -b XXX.sam >xxx.bam后报错
[W::sam_read1] parse error at line 1 [main_samview] truncated file
主要原因是在上一步生成sam文件时，日志信息也被写入sam文件，导致无法转换
要想避免这个问题，最好把命令写入shell文本，然后
nohup sh XX.sh 1>xx.log 2>&1 &
将日志信息定向输出到log文件中。
sam转bam
运行samtools view -@ 16 -b XXX.sam >xxx.bam后报错
[W::sam_read1] parse error at line 1 [main_samview] truncated file
主要原因是在上一步生成sam文件时，日志信息也被写入sam文件，导致无法转换
要想避免这个问题，最好把命令写入shell文本，然后
nohup sh XX.sh 1>xx.log 2>&1 &
将日志信息定向输出到log文件中。
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本文标题：避坑 sam转bam
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