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避坑 sam转bam

避坑 sam转bam

作者: bio_橡树 | 来源:发表于2022-09-18 22:59 被阅读0次

    sam转bam
    运行samtools view -@ 16 -b XXX.sam >xxx.bam后报错
    [W::sam_read1] parse error at line 1 [main_samview] truncated file

    主要原因是在上一步生成sam文件时,日志信息也被写入sam文件,导致无法转换
    要想避免这个问题,最好把命令写入shell文本,然后
    nohup sh XX.sh 1>xx.log 2>&1 &
    将日志信息定向输出到log文件中。

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