日军全部撤出朝鲜之后，关于“文禄庆长之役”的和平交涉工作，由负责军务的德川家康委任对马国的宗义智担任。由于秀赖年幼，所以暂由德川家康理政，等秀赖成年后，再把政权交还给秀赖，由五大老和五奉行监督。之后，为了恢复跟朝鲜李氏王朝的关系，日方派出了信使表示友好。朝鲜政府为了探听日本的虚实，也于1604年派惟政作为使者前往日本。惟政于1605年，在京都的伏见城会见了已经成为征夷大将军的德川家康，在确认了其已经掌握日本实权后，表达了和平的意向。1607年朝鲜再次派遣使者正式觐见二代将军德川秀忠，两国恢复了外交关系。但是中国这边，直到大明王朝灭亡，也未能恢复和日本的外交关系。后来的满清政府，闭关锁国，也未能与日本建交。据《德川幕府大事记》记载，1648年时曾有人自称明朝使者来到江户，希望日本能出兵援助抵抗满清，遭到了日方的拒绝。自此之后，直到甲午战争，中日之间再无任何政府层面上的往来。
1598年底，几乎九死一生回到自己领国的日本征朝大名们本以为可以松一口气了，但是由于自己常年外出打仗领内无人打理，土地荒废、百姓流离，很多大名已经入不敷出。德川家康由于没有参加对朝作战，慢慢经营关东的新领地，钱粮充沛，趁机多次出手接济征朝众将，收买人心。并与细川忠兴、岛津义弘、增田长胜等人来往频繁。对丰臣家忠心耿耿的石田三成渐渐发现了德川家康的野心。直到后来，德川家康多次违背丰臣秀吉生前发布的大名之间禁止通婚的命令：伊达政宗的长女五郎八姬和德川家康六子松平忠辉、松平康元（家康的外甥）的女儿和福岛正之（福岛正则养子）、蜂须贺至镇（蜂须贺家政长子）和小笠原秀政之女（家康的孙女）、水野忠重（家康的叔父）之女和加藤清正、保科正直之女荣姬（家康的养女）和黑田长政（黑田官兵卫之子）。
1599年1月19日，石田三成向丰臣家威望最高的前田利家上诉，称德川家康专横跋扈大有野心，企图让前田为自己撑腰对抗家康。之后，前田利家派遣三中老（生驹亲正、堀尾吉晴、中村一氏）的堀尾吉晴和石田三成一同前去问罪，反而遭到了家康的严厉斥责。家康称之所以与大名之间通婚是为了帮助年幼的丰臣秀赖稳定天下。前田利家只能亲自出马，召集众人准备教训一下德川家康。家康也不示弱开始召集自己的支持者，准备与利家分庭抗理，两派武将分别在大坂和伏见聚集，武力冲突眼看一触即发。
伏见城德川派：
福岛正则、黑田孝高、黑田长政父子、池田辉政、蜂須贺家政、藤堂高虎、山内一丰、有马则赖、有马丰氏父子、京极高次、京极高知兄弟、胁坂安治、伊达政宗、新庄直赖、新庄直忠兄弟、大谷吉継、森忠政、堀秀治、金森长近、最上义光、田中吉政等。
大坂城前田派：
毛利辉元、上杉景勝、宇喜多秀家、加藤清正、织田秀信、织田秀雄、増田長盛、细川忠兴、加藤嘉明、浅野幸长、长束正家、前田玄以、佐竹义宣、小西行长、長宗我部盛亲、立花宗茂、锅岛直茂、有马晴信、松浦镇信等。
眼看丰臣氏即将分裂，已经饱经风霜61岁的前田利家连声叹气。最终，于1599年2月2日双方以交换誓书的方式化解了两派对立的问题。德川家康与前田利家相互登门拜访，家康也察觉出自己这时不宜与前田闹翻。因为在出兵朝鲜的阶段，前田利家就常常调和武斗派和文治派的矛盾，担任和事老的身份化解双方的问题。两边碍于其威望，一直不敢有大的行动。但好景不长，1599年3月3日，丰臣秀吉的好友前田利家病故。一直被压抑的两派之间的矛盾终于爆发。其实，“文治”和“武断”两派人的对立并不是偶然现象。首先是地域的差别，丰臣秀吉之前在尾张和美浓跟随信长，“武断派”的代表人物加藤清正、福岛正则都是那时秀吉亲戚的孩子，被秀吉当成养子一样看待。而之后秀吉被封到近江长滨当城主，“文治派”的石田三成、小西行长等人都是那时才开始追随秀吉。
再者，这两派人的后台，也聚焦到了两个女人身上，一个是北政所（宁宁），一个是淀殿（茶茶）。宁宁为秀吉原配，但无法生育，所以收了许多亲戚的孩子为养子，之后更是照料过许多大名作为人质交给秀吉的孩子。而如今，这些孩子已经长大成人，成为了丰臣家的支柱，加藤清正、福岛正则、黑田长政等武断派几乎都把宁宁当做亲生母亲来对待。再说宁宁与秀吉的婚姻，当时秀吉不过是信长手下一个打杂的，而宁宁的父亲杉原定利则是信长手下的一员武将。俩人虽然是难得的自由恋爱，但秀吉的母亲一直反对，怕委屈了宁宁。之后宁宁成为了浅野长胜的养女，与秀吉成婚，尽管没有孩子，但十分贤惠，跟婆婆的关系也处的很好。也正因为俩人是自由恋爱，秀吉变得有些惧内，更是有宁宁向信长告状说秀吉出轨的趣闻。所以好色的秀吉一直不敢立侧室。后来真的是知道了自己不能生育，但需要为丰臣家留后，宁宁才不得不让秀吉开始拥立侧室。尽管秀吉侧室众多，但最年轻最漂亮又会哄人开心的，就是茶茶了，据传其身高有170cm。茶茶是织田信长的妹妹阿市与北近江领主浅井长政的大女儿，从小就在近江长大，所以跟近江出身的石田三成﹑增田长盛﹑长束正家等文治派代表人物交往过密。起初宁宁与茶茶两人的关系还算过得去，直到茶茶生下了丰臣秀赖，宁宁虽然表面不说，但不由心生嫉妒。之后丰臣秀次事件爆发，茶茶联合了文治派的石田三成等人，诬陷秀次造反，让宁宁察觉到了其险恶的用心。丰臣秀吉死后，茶茶更是将宁宁逐出了大坂城，让其前往京都供奉秀吉，自己则在大坂城照顾秀赖。为了避免丰臣家内部冲突升级，宁宁只能答应。
然而随着前田利家的死，已经没有人再有能力调停两派之间的冲突了。1599年3月6日，之前在朝鲜苦战但被文治派盛气凌人谎报战功的七名武将：加藤清正、福岛正则、黑田长政、细川忠兴、浅野幸长、池田辉政、加藤嘉明准备突袭大坂城内石田三成的住宅，杀害石田三成，据记载蜂须贺家政和藤堂高虎也有参与。幸亏丰臣秀赖的侍从桑岛治右卫门报信儿，石田三成才在岛左近和佐竹义宣的帮助下逃跑。七将发现石田三成没在自己的住宅，遂开始探访大坂城内所有大名的府邸。逃到佐竹义宣家中的石田三成惊魂未定，就接到七人杀到的消息。三成一行只能换上女装逃出，来到了伏见城。
3月7日，武断派众将围住了伏见城。走投无路的石田三成，只能向正在伏见城执政的德川家康求救。众将要求家康交出石田三成，遭到了拒绝，但相应的家康承诺先将石田三成撤职让其回到领地佐和山城隐居，并答应众将重新审定朝鲜蔚山城一战的军功。七将这才罢休，3月10日家康命次子结成秀康护送石田三成退回近江的佐和山城。为此一事，家康还特意向最最中立、侍奉秀吉灵位的北政所宁宁写信询问意见，但宁宁表示家康处理的非常到位，并给予了很高的评价。
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