GeneToList – 基因名转换网络服务器

小编写过有关基因名的坑的推文，总结了有关基因名的十大坑，见：。今天为大家推荐一款很不错的基因名转化在线服务器 – GeneToList

随着高通量组学技术的日益流行，处理它们所产生的数据集变得越来越困难，因此需要借助于编程语言或者在线服务器，将一个数据库中的基因名转换成另一个数据库中的基因名，例如：biomaRt，MyGene （http://mygene.info）和org.Hs.eg.db；DAVID在线服务器（https://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp），g:Convert（https://biit.cs.ut.ee/gprofiler）以及bioDBnet（https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php）。

然而，遇见别名，或者是废弃的IDs时就不行了。因此作者使用Python Plotly Dash包开发了一个ID转换网络服务器GeneToList

（https://www.genetolist.com/）。可以批量转换，并且能够处理别名，废弃名字等情况。

GeneToList从NCBI中收集了超过3.4万个物种的基因信息，支持的数据库包括：NCBI Gene symbol，NCBI gene IDs（Entrez IDs），OMIM IDs，HGNC IDs，Ensembl IDs等。

1，基因别名

作者使用了10个基因名进行测试。

图1. 建议功能

10个基因名中4个基因名完美匹配（绿色），5个是suggestion accepted，1个是自动接收建议，均可以匹配到响应基因。

2，ID转换

由于GeneToList具有suggestion功能，因此比其他转换工具的转换准确性更高。

图2. 不同工具比较

3，测试

这里，我们以Ensembl数据库ID为例。

1）打开GeneToList网站。

图3. GeneToList网站

2）选择物种

默认列了3个物种：人、小鼠、大鼠。可根据自己的物种情况点击“Other (select from >34,000 taxa!”，然后在下面输入框中键入物种名或者taxaid进行搜索（带有提示）。

图4. 选择物种

4，粘贴待转换IDs

将待转换的基因IDs粘贴到

图5. 粘贴待转换基因id

5，提交并下载结果

点击“Start New List”后会在右侧出现转换结果，点击“Save as CSV”即可下载结果。与其他数据库相比，转换结果包括非常多的列（主要是来自NCBI geneinfo数据库），例如常见的GeneID，Description，基因类型等均有列出，极大地方便了我们对基因的研究。

图6. 转换结果

优点：

1，物种众多，超过3.4w种

2，带基因名建议功能，可手工确定

3，输出信息列较多

4，转换效率高，准确

缺点：

1，ID类型较少，例如不支持affy探针

2，没有外部数据库的信息，例如GO数据库，KEGG数据库等。

然而，该网站是目前发现的比较好的在线基因名转换网站，微生信强烈推荐给大家使用！

地址：https://www.genetolist.com/