使用awk
cat test.sam |awk '{if ($0~/^@/){print} else if($0~/NH:i:1\>/){print}}' >test_filter.sam
序列比对:将测序reads与已知序列信息的基因或基因组进行比对,比对结果格式比较常见的是sam和bam文件。sam...
目录 samtools和picard的排序问题SAM文件中FLAG值的理解SAM文件中那些未比对的reads为什么...
1.对过滤后的fq.gz文件进行比对,并查看比对情况 2.比对后将SAM文件转为bam文件,转之前要进行排序,可以...
转录组分析要用比对后的bam或sam文件进行后续计数。也就是对基因/转录本的区域上比对到的reads进行计数。最后...
格式 当我们把测序reads比对到参考基因组后,能够得到sam/bam文件。bam/bed格式的文件主要是储存了r...
100天生信-Day7 ChIP-seq拉下来的reads经过mapping生成.sam文件,sam文件使用sam...
建立人基因组windows,计算GC含量 质控 比对 过滤掉比对不上的reads 合并bam, 可选操作 计算每个...
建立索引 序列比对 --readFilesIn :paired reads文件--outSAMtype :表示输出...
SAM文件不但记录了reads详细的mapping信息,还记录了reads的原始信息,内容很是全面。这样很好,...
本文标题:过滤sam文件,留下唯一比对reads
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