征讨凉州，相性不合
中平五年（188年），凉州叛军重新攻入右扶风，围攻陈仓县城。
十一月，朝廷拜皇甫嵩为左将军，董卓拜前将军为副，各率两万人救援陈仓。
董卓向皇甫嵩建议急速进军，皇甫嵩认为：“
陈仓县城防备坚固，凉州叛军必然无法攻克，我军只要按兵不动，以逸待劳即可取得全胜。”
于是不听从董卓的建议。
鲸鲵未灭 ，一拒征召
朝廷征董卓为少府，董卓不肯受命，上书推辞：
“我下属的湟中义从、匈奴士兵都来拦住我的车，苦求我不要抛弃他们，我制止不了他们，只能留下来宽慰他们，如果有情况有变我再向朝廷汇报。”
朝廷也无可奈何，十分担忧。
技不如人，结恨皇甫
中平六年（189年）春二月，凉州叛军围攻陈仓县城达八十余日不克，疲敝而退。
皇甫嵩下令追击，董卓劝阻，认为“穷寇勿追，归众勿迫”
皇甫嵩则认为：“叛军是丧失斗志的疲师，而不是归众、穷寇”。
随后，皇甫嵩让董卓负责殿后，自己率军追击，连战连胜，斩首万余级，叛军首领王国逃走后不久病死。
董卓因此非常忌恨皇甫嵩。
拒交兵权，再违诏敕
灵帝得了重病，下诏拜董卓为并州牧，其下属军队转交给皇甫嵩。
董卓接受任命，但是不肯交出军队，上书辩解道：
“我掌兵十年，士兵上下和我关系太好了，都要为我卖命，我乞求带这帮士兵去并州，效力边垂”。
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