刚开始的商业模式使得很多Unix爱好者和软件开发者感到非常痛心和忧虑，也引起了大众的不满与反对，另一方面，关于'大教堂"和“集市”两种开发模式的对比成了新思潮的中心思想，而此时一名Richard Stallman的领袖出现了，他创立了GNU，GNU组织的建立，延续了当年Unix刚出现时的情形，并为这种情形建立了可靠的法律和财务保障。GNU 工程十几年以来， 已经成为一个对软件开发主要的影响力量， 创造了无数的重要的工具。例如：强健的编译器，有力的文本编辑器，甚至一个全功能的操作系统。从那时开始，许多程序员聚集起来开始开发一个自由的、高质量、易理解的软件，让这使得Unix社区生机勃勃，一派繁荣景象。
自90年代发起这个计划以来，GNU 开始大量的产生或收集各种系统所必备的组件，像是——函数库、编译器、调式工具、文本编辑器、网站服务器，以及一个Unix的使用者接口（Unix shell）等等，等等。但由于种种原因，GNU一直没有开发操作系统的kernel。正当Richard Stallman在为操作系统内核伤脑筋的时候，Linux出现了。
1990年，Linus Torvalds还是芬兰赫尔辛基大学的一名学生，最初是用汇编语言写了一个在80386保护模式下处理多任务切换的程序，后来从Minix（Andy Tanenbaum教授所写的很小 的Unix操作系统，主要用于操作系统教学）得到灵感，进一步产生了自认为狂妄的想法——写一个比Minix更好的Minix，于是开始写了一些硬件的设备驱动程序，一个小的文件系统。这样0。0。1版本的Linux就出来了，但是它只具有操作系统内核的勉强的雏形，甚至不能运行，你必须在有Minix的机器上编译以后才能玩。这时候Linus已经完全着迷而不想停止，决定踢开Minix，于是在1991年10 月5号发布Linux 0。0。2版本，在这个版本中已经可以运行bash 和gcc。
从一开始，Linus就决定自由扩散Linux，包括原代码，随即Linux引起黑客们（hacker）的注意，通过计算机网络加入了Linux的内核开发。Linux倾向于成为一个黑客的系统——直到今天，在Linux社区里内核的开发被认为是真正的编程。由于一批高水平黑客的加入，使Linux 发展迅猛，几乎一两个礼拜就有新版或修正版的出现，到1993年底94年初，Linux 1。0终于诞生了！Linux 1。0已经是一个功能完备的操作系统，而且内核写得紧凑高效，可以充分发挥硬件的性能，在4M内存的80386机器上也表现得非常好，至今人们还在津津乐道。时至今日，kernel的版本已经出到2。6。Linux的发展不像传统的软件工程，它完全是透过网络，集合世界各地的高手而成的一套操作系统，在这里我们也可以见识到网络快速传播的威力。Linux初次让整个世界感觉到了开源力量和网络力量的如此强大。（Linux 的标志和吉祥物是一只名字叫做 Tux 的 企鹅，标志的由来是因为Linus在澳洲时曾被一只动物园里的企鹅咬了一口，便选择了企鹅作为Linux的标志。）
Linux 的历史是和GNU紧密联系在一起的。从1983年开始的GNU计划致力于开发一个自由并且完整的类Unix操作系统，包括软件开发工具和各种应用程序。到1991年 Linux 内核发布的时候，GNU已经几乎完成了除了系统内核之外的各种必备软件的开发。在 Linus Torvalds 和其它开发人员的努力下，GNU组件可以运行于Linux内核之上。整个内核是基于GNU 通用公共许可，也就是GPL（GNU General Public License，GNU通用公共许可证）的，但是Linux内核并不是GNU 计划的一部分。1994年3月，Linux1。0版正式发布，Marc Ewing成立了 Red Hat 软件公司，成为最著名的 Linux 分销商之一。
严格来讲，Linux这个词本身只表示Linux内核，但在实际上人们已经习惯了用Linux来形容整个基于Linux内核，并且使用GNU 工程各种工具和应用程序的操作系统（也被称为GNU/Linux）。基于这些组件的Linux软件被称为Linux发行版。一般来讲，一个Linux发行套件包含大量的软件，比如软件开发工具，数据库，Web服务器（例如Apache），X Window，桌面环境（比如GNOME和KDE），办公套件（比如OpenOffice。org），等等。
1991至1995年间，Linux从概念型的0。1版本内核原型，发展成为能够在性能和特性上均堪媲美专有Unix的操作系统，并且在连续正常工作时间等重要统计数据上打败了这些Unix中的绝大部分。1995年，Linux找到了自己的杀手级应用——开源的web服务器Apache。就像Linux，Apache出众地稳定和高效。很快，运行Apache的Linux机器成了全球ISP平台的首选。约60%的网站选用Apache，轻松击败了另两个主要的专有型竞争对手。今天的LAMP（Linux ， Apache， MySQL， PHP）已经成为了架构Web服务器的主要首选。
Linux和GNU关系是比较微妙的。那时，自由软件基金会编写的用户软件工具包铺平了一条摆脱高成本专有软件开发工具的前进道路。意识服从经济，而不是领导：一些新手加入了RMS的革命运动，高举GPL大旗，另一些人则更认同整体意义上的Unix传统，加入了反对GPL的阵营，但其他大部分人置身事外，一心编码。
Linus Torvalds巧妙地跨越了GPL和反GPL的派别之争。他利用GNU工具包搭起了自创的Linux内核，用GPL的传染性质保护它，但拒绝认同Richard Stallman的许可协议反映的思想体系计划。Linus Torvalds明确表示他认为自由软件一般情况下更好，但他偶尔也用专有软件。即使在他自己的事业中，他也拒绝成为狂热分子。这一点极大地吸引了大多数黑客，他们虽然早就反感Richard Stallman的言辞，但他们的怀疑论一直缺个有影响力或者令人信服的代言人。而Linus Torvalds正好充当了这一角色。
Linus Torvalds令人愉快的实用主义及灵活而低调的行事风格，促使黑客文化在1993至1997年间取得了一连串令人惊奇的胜利，不仅仅在技术上的成功，还让围绕Linux操作系统的发行、服务和支持产业有了坚实的开端。结果，他的名望和影响也一飞冲天。Torvalds成为了互联网时代的英雄；到1995年为止，他只用了四年时间就在整个黑客文化界声名显赫，而Richard Stallman为此花了十五年，而且他还远远超过了Stallman向外界贩卖“自由软件”的记录。与Torvalds相比，Richard Stallman的言辞渐渐显得既刺耳又无力。（参看《Linus Torvalds 语录 Top 10》）
今天，我们也说不清楚是GNU Linux还是Linux GNU。Linux既不排斥开源，也不排斥商业化，Linux认为好的软件是需要免费和商业化共同推进的。正是这种革命性的想法，造就了今天的Linux火红的局面Linux就像一股清泉流入了所有人的心中，引发了很多的启迪和思考。
而现在主流三个发行版：Redhat，Debian，slackware。
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