一般认为，益生元给益生菌提供“食物”，能够被肠道内有益细菌分解吸收，促进有益细菌生长繁殖，譬如双歧因子就是促进肠内双歧杆菌生长的益生元。
益生元（Prebiotics）是指不易被消化的食品成分，通过选择性的刺激一种或几种细菌的生长与活性而对寄主产生有益的影响，从而改善寄主健康的物质。
益生元的种类
益生元包括各种寡糖类物质（Oligosaccharides）或称低聚糖（由2～10个分子单糖组成），概括来说是功能性低聚糖。
功能性低聚糖包括低聚异麦芽糖、低聚半乳糖、低聚果糖、低聚乳果糖、乳酮糖、大豆低聚糖、低聚木糖、帕拉金糖、耦合果糖、低聚龙胆糖等，其中，除了低聚龙胆糖无甜味反具有柔和的提神苦味外，其余的均带有程度不一的甜味，可作为功能性甜味剂用来替代或部分替代食品中的蔗糖。迄今为止，已知的功能性低聚糖有1000多种，自然界中只有少数食品中含有天然的功能性低聚糖。
益生元的作用
低聚糖难被人体所消化，同时蛀牙、肥胖症、高血脂，糖尿病等都同食糖摄取过多有着密切关系，这种益生元的作用主要体现在有助于改善肠道菌群和替代蔗糖作用上。低聚糖主要的副作用是对寡糖敏感的人的肠胃胀气和膨胀感。
1．促使双歧杆菌和乳杆菌增殖，发挥益生菌作用。双歧杆菌和乳杆菌发酵益生元产生短链有机酸(主要是乙酸和乳酸)和一些抗菌物质。从而降低肠pH 值 。
2．抑制病原菌和腹泻，防止或减轻便秘。通过有益菌的繁殖增多，肠pH 值的降低，抑制有害细菌生长，从而达到调整肠道菌群，促进机体健康的目的。酸性物质能刺激肠道蠕动，增加粪便湿润度并保持一定的渗透压，从而防止便秘的发生。
3．减少有毒发酵产物及有害细菌酶的产生，保护肝脏。碳水化合物的发酵一般产生无害或有益的终产物，然而蛋白质发酵则导致潜在的有害物质的生成。加强碳水化合物发酵可以抑制蛋白质发酵，减少有毒物质的生成，进而保护解毒器官----肝脏。
4．降低血清胆固醇和血压。这个是通过对益生菌的增殖而发挥间接作用。
5．增强机体免疫力，抗癌。益生元本身对免疫系统无任何作用，但是通过改变肠菌落从而可能影响免疫系统。双歧杆菌在肠道内大量繁殖能够起抗癌作用。这种抗癌作用归功于双歧杆菌的细胞、细胞壁成分和胞外分泌物。蛋白质发酵产物会提高患直肠癌的风险，碳水化合物发酵增加和蛋白质发酵的抑制降低了直肠癌发病的可能。
6．生成营养物质，低能量或无能量且不会引起牙齿龋变。促进有益菌生长，产生的营养物质增多（维生素B1、维生素B2、维生素B4、维生素B12、烟酸和叶酸）。功能性低聚糖很难或不被人体消化吸收，所提供的能量值很低或根本没有，故可在低能量食品中发挥作用。龋齿是由于口腔微生物特别是突变链球菌侵蚀而引起的，功能性低聚糖因为不是这些口腔微生物的合适作用底物，因此不会引起牙齿龋变。
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