几个世纪以后，对李贽的缺点，很少有人指斥为过激，而是被认为缺乏前后一致的完整性。他的学说破坏性强而建设性弱。他没有能创造一种思想体系去代替正统的教条，原因不在于他缺乏决心和能力，而在于当时的社会不具备接受改造的条件。和别的思想家一样，当他发现自己的学说没有付诸实施的可能，他就只好把它美术化或神秘化。
李贽的学说一半唯物，一半唯心，这在当时儒家的思想家中并非罕见。这种情形的产生，又可以追究到王阳明。
王阳明所使用的方法简单明白，不像朱熹那样的烦琐累赘。但是在他的体系里，还存在一些关键的问题，例如良知的内涵是什么？良知与意念的关系，是从属还是并行，是调和还是排斥？他应该直接的说良知是一种无法分析的灵感，有如人类为善的可能性属于生命中的奥妙。但是王阳明不如此直截了当。他又含糊地说，良知无善无恶，意念则有善有恶。这些问题，为他的入室弟子王畿作出断然的解答：一个人企图致良知，就应当摈绝意念。理由是，人的肉体和思想，都处于一种流动的状态之下，等于一种幻影，没有绝对的真实性。所以，意念乃是枝节性的牵缠，良知则是永恒的、不借外力的存在。良知超越于各种性格，它的存在寓于无形，有如灵魂，既无年龄性别，也无籍贯个性，更不受生老病死的限制。按照王畿的解释，良知已不再是工具而成了目的，这在实际上已经越出了儒家伦理的范围，而跨进了释家神学的领域。李贽在北京担任礼部司务的时候，经常阅读王阳明和王畿的书，之后他又两度拜访王畿，面聆教益。他对王畿备加推崇，自称无岁不读王畿之书，亦无岁不谈王畿之学，后来又主持翻刻了王畿的《文抄录》，并且为之作序。
按照王畿的学说，一个人就理应集中他的意志，放弃或简化物质生活，避免环境的干扰，以达到无善无恶的至高境界。然则一切的真实性既然只存在于心中，则所谓放弃、简化与避免，也无须见诸行动，而只是存在于精神之中。一个人不存在恶念，他就不会见恶闻恶，更彻底地说，就是世界上根本不存在恶。基于这种的立场和信念，李贽对耿定向的攻击不屑一顾。耿定向说他狎妓，李贽就承认他确实在麻城“出入于花街柳市之间”。但是这种世俗所认为不对的行为在无善无恶的领域中，不足成为指责的根本。在李贽看来，他的行为不过是佛家的“游戏三昧”，道家的“和光同尘”。因之他以“无善无恶”作为标帜，硬是不肯认错示弱，另一方面李贽则并不认为这种自由系每个人都能具有，而只是进入了无善无恶境界的优秀分子的特权。这种优越感，在他的著作中经常流露。
李贽又有他的另一面。当他说到“穿衣吃饭即是人伦物理”，他又站到了王艮这一边。王艮是泰州学派的创始人，也是王阳明的信徒。很多历史学家认为，王艮把王阳明的学说推广而成为“群众运动”，这可以算得是一种历史的误会。因为在明代社会里，并不存在以哲学领导群众运动的可能；如果存在这种可能，与之相联系的历史因素势必引起剧烈的变化，但事实上毫无这种迹象。然则王艮确实在比较广泛的范围里传播了王学，他所说的“百姓日用即道”、“百姓日用条理处，即是圣人之条理处”，又正是王学的发挥。因为王阳明的知行合一说，其宗旨在于知圣人之道，行圣人之志。李贽虽然渴望自由，然而他不能超然物外，对这样堂皇的旗号无动于衷。因此，以学术的流派而论，他始终被认为属于泰州学派。
在第三位姓王的影响之下，李贽重视物质，也重视功利。他仍然不断地提到“心”，但是这已经不是就地打滚、无美于中无丑于外的心，而是考虑到日常需要的心。因为自己有所需要，就推知别人也有同样的需要，这就是孟子所谓“他人有心，予忖度之”。在这些场合中，他的思想已经脱离了形而上学的挂碍，而是以日用常识作为基础。这种态度在他评论历史时尤为明显。
李贽的历史观大多符合于传统的看法，比如他确认王莽为“篡弑盗贼”，指斥张角为“妖贼”。在他看来，历史的治乱，既循环不断，又与“文”“质”相关联。一代人君如果专注于“文”而使之臻于极致，则已经开了祸乱之基；反之，息乱创业之君，则专注于“质”，只求使百姓免于饥寒而不去顾及是否粗粝。这种认为文化与生活水平和国家安全不能相容的看法，是中国传统历史的产物，也是官僚政治的特点。李贽自然无法理解，用中央集权的方式，以为数众多的官僚治理亿万农民，就要求整齐划一、按部就班，不能鼓励特殊分子或特殊成分发展新的技术或创造新的法则。在他所处的时代，文官集团业已丧失了发展技术的可能，也没出对付新的历史问题的能力。社会物质文明（即李贽所谓“文”）往前发展，而国家的法律和组织机构不能随之而改进，势必发生动乱。受到时代的限制，李贽认为历史循环之无法避免，乃是命运的安排，几乎带有神秘的力量，所以也不必再白费心力去寻找任何新的解决方案。这样来看，李贽的唯心论并不彻底，因为他承认了客观的真实性，治乱兴亡并不决定于人的主观，当然更不承认，所谓人心不在，治乱就不成其为治乱这样的理论了。
君主一生事业的成败既为历史循环的后果，李贽对于历代君主的评论，也只是着重在他们适应时代的识见和气魄。对于“天下之重”的责任，李贽则认为应该由宰辅大臣来承担。他所期望于大臣的，是他们的执政的功绩而不是道德的言辞。一个奇才卓识的人，在为公众的福利作出贡献的过程中，决不能过于爱惜声名，因而瞻前顾后，拘束了自己的行动。他可以忍辱负重，也可以不择手段以取得事业上的成功。这种会小节而顾大局的做法被视为正当，其前提是以公众的利益为归依，而在伦理上的解释则是公众道德不同于私人道德，目的纯正则不妨手段不纯。李贽在这些方面的看法，和欧洲哲学家马基雅弗利（Machiavelli）极其相似。
李贽重视历史上对财政经济问题有创造性的执政者。他推崇战国的李悝、汉代的桑弘羊、唐代的杨炎，但是对宋代的王安石却缺乏好感。这当然并非因为王安石在道德上遭到非议，而是因为他的才力不逮他的宏愿，“不知富强之术而必欲富强”。与上述的论点相联系，李贽更为大胆的结论是一个贪官可以为害至小，一个清官却可以危害至大。他尊重海瑞，但是也指出海瑞过于拘泥于传统的道德，只是“万年青草”，“可以傲霜雪而不可以任栋梁者”。对于俞大猷和戚继光，李贽极为倾倒，赞扬说：“此二老者，固嘉、隆间赫赫著闻，而为千百世之人物者也。”在同时代的人物中，他最崇拜张居正，称之为“宰相之杰”，“胆如天大”。张居正死后遭到清算，李贽感到愤愤不平，写信给周思敬责备他不能主持公道，仗义执言，但求保全声名而有负于张居正对他的知遇。
李贽和耿定向的冲突，许多当代的哲学史家把原因归之于他们经济地位的不同。李贽属于地主阶级的下层，所以他对传统有反抗的倾向；耿定向是大地主，所以偏于保守。
这种论点缺乏事实的根据。耿家在黄安确实是有声望的家族，但是李贽的后半生，却一直依附于这样的家族而得以维持相当优裕的生活。他与耿定向决裂以后，随即投奔麻城周家，依靠周思敬和周思久。这周家作为地主望族，较之耿家毫无逊色，何况两家又是姻家世好。另外还有梅家，其社会地位也与耿、周二家相埒。当年麻城（黄安初属麻城，1563年始分治）士人进学中举，几乎为这三家包办。在麻城的时候，李贽还和梅国桢过从甚密，梅国桢后来为《焚书》写作了序言。在晚年，李贽又和漕运总督刘东星有极深的交往。刘东星为沁水人，不仅自己身居高位，而且把女儿嫁给山西阳城的大族王家，成了户部尚书王国光的烟亲。在盛名之下，甚至连亲藩沈王也对李贽感觉兴趣，邀请他去作客。李贽托言严冬不便就道，辞谢未赴。他的最后一位居停为马经纶。此人官居御史，家住通州，赀财富有。他特意为李贽修造了一所“假年别馆”，并且拨出果园菜圃和另一块土地，雇人耕种，以收入作为其客居的供应之资。在李贽的朋辈之中，惟有焦竑家道清贫，但却无妨于这一家在上层社会中的地位。总之，李贽所交往的人都属于社会的上层，而且是这个阶层中的优秀分子。
李贽本人的著作以及有关他的传记资料，从来没有表示出他有参加任何群众运动的痕迹或者企图。他对于工业农业的技术改进和商业的经营管理都毫无兴趣。他的所谓“吃饭穿衣即是人伦物理”，不过是要求高级的官僚以其实际的政绩使百姓受惠，而不是去高谈虚伪的道德，崇尚烦琐的礼仪。但这并不表示李贽自己有意于实践，而只能表示他是一个提倡实践的理论家。至于他对女性的看法，也常常被后人误解。他不承认女性的天赋低劣，在他看来，历史上有一些特殊的女性甚至比男人还要能干，比如他就屡次称颂武则天为“好后”。但是赞扬有成就的女性，并不等于提倡男女平权，宣传妇女解放。一个明显的证据是李贽对寡妇的守节，其褒扬仍然不遗余力。
十分显然，李贽没有创造出一种自成体系的理论，他的片段式的言论，也常有前后矛盾的地方。读者根容易看出他所反对的事物，但不容易看出他所提倡的宗旨。
但是这种前后不一并不能算做李贽最大的缺点。有创造力的思想家，在以大刀阔斧的姿态立论的时候，也不是不能见到自相矛盾的地方。卢梭倡导的个人自由，在他的铺张解说之下，反而成了带有强迫性的为公众服务的精神。李贽的这种矛盾，在古今中外并非罕见。
如果把李贽的优越感和矫饰剔除不计，那么，他的思想面貌还不是难于认识的。他攻击虚伪的伦理道德，也拒绝以传统的历史观作为自己的历史观，但是在更广泛的范围内，他仍然是儒家的信徒。芝佛院内供有孔子像，他途经山东，也到曲阜拜谒孔庙。在李贽看来，儒家的“仁”、道家的“道”和佛家的“无”彼此相通，他攻击虚伪的道德，但同样不是背弃道德。
在一种社会形态之中，道德的标准可以历久不变，但把这些标准在生活中付诸实践，则需要与不同的时代、环境相适应而有所通变。李贽和他同时代的人物所遇到的困难，则是当时政府的施政方针和个人的行动完全凭借道德的指导，而它的标准又过于僵化，过于保守，过于简单，过于肤浅，和社会的实际发展不能适应。本朝开国二百年，始终以“四书”所确定的道德规范作为法律裁判的根据，而没有使用立法的手段，在伦理道德和日常生活之间建立一个“合法”的缓冲地带。因为惟有这种缓冲地带才能为整个社会带来开放的机能，使政府的政治措施得以适合时代的需要，个人独创精神也得以发挥。
这种情况的后果是使社会越来越趋于凝固。两千年前的孔孟之道，在过去曾经是领导和改造社会的力量，至此已成为限制创造的牢笼。在道德的雄旗下，拘谨和雷同被视为高尚的教养，虚伪和欺诈成为官僚生活中不可分离的组成部分，无怪乎李贽要慨乎言之：“其流弊至于今日，阳为道学，阴为富贵！”
如果李贽在某种程度上表现了言行的一致，那么唯一合理的解释也只是他在追求个性与行动的自由，而不是叛离他衷心皈依的儒家宗旨。李贽弃官不仕，别妇抛雏，创建佛院，从事著作，依赖官僚绅士的资助而生活，一直到他在法官面前坚持说他的著述于圣教有益无损，都不出于这样的原则。
对现状既然如此反感，李贽就对张居正产生了特别的同情。我们无法确知李贽和张居正是否见过面，但是至少也有共同的朋友。李贽的前后居停，耿定向和周思敬，都是张居正的亲信。耿定向尤为张居正所器重，1578年出任福建巡抚，主持全省的土地丈量，乃是张居正发动全国丈量的试探和先声。两年之后，张居正以皇帝的名义发布了核实全国耕地的诏书，意图改革赋税，整理财政。这是张居正执政以来最有胆识的尝试，以他当时的权力和威望，如果不是因为突然去世，这一重大措施很可能获得成功。
张居正少年时代的课业，曾经得到当地一位官员的赏识。此人名李元阳，字中溪。他的一生与李贽极为相似：在中年任职知府以后即告退休，退休以后也以释门弟子而兼儒家学者的姿态出现。据记载，他和李蛰曾经见过面。
由于李元阳的影响，张居正早就对禅宗感到兴趣。这种兴趣促使他在翰林院供职期间就和泰州学派接近，并且阅读过王艮的著作，考虑过这种学术在政治上实用的可能性。也许，他得出的最后结论是，这一派学说对于政治并不能产生领导作用。也有人指斥张居正因为要避免学术上的歧异而施用政治上的迫害，最显著的例子是把泰州学派中的佼佼者何心隐置于死地，但李贽则力为辩护，认为何心隐之死与张居正无关。
然则，张居正用什么样的理论来支持自己的胆识和行动？他的施政方针，即便不算偏激，但是要把它付之实现，必须在组织上作部分的调整和改革。而文官集团所奉行的原则，却是严守成宪和社会习惯，遏制个人的特长，以保持政府和社会的整体均衡。张居正在理论上找不到更好的学说，就只能以自己的一身挺立于合理和合法之间，经受来自两方面的压力。他声称已身不复为己有，愿意充当铺地的席子，任人践踏以至尿溺，这正和李贽所说不顾凡夫俗子的浅薄批评相似。张居正写给李元阳的信，引用了《华严悲智偈》中的“如入火聚，得清凉门”两句偈语，也就是说一当自己把名誉的全毁置之度外，就如同在烈火之中找到了清凉的门径。这显然又是心学派的解释：对于客观环境，把它看成烈焰则为烈焰，看成清凉则为清凉。
张居正在政治上找不到出路，其情形类似于李贽在哲学上找不到出路。创造一种哲学思想比较容易，因为它是哲学家个人意识活动的产物。但是宣布一种政治思想，以之作为治国的原则，其后果则为立竿见影，它必须在技术上符合现状，才能推行无碍。在本朝的社会中，儒家的仁，类似于宪法的理论基础。全国的读书人相信性善，则他们首先就应该抑制个人的欲望，不去强调个人的权利。扩而大之，他们一旦位列封疆或者职居显要，也就不能强调本地区、本部门的特权。例如东南各省本来可以由海外贸易而获大利，但由于顾全大体，没有坚持这种特别的经济利益，就得以保持全国政治的均衡。在这种以公众利益为前提的条件下，政府中枢才有可能统一管理全国，而无须考虑各地区、各部门以及各个人的特殊需要。这是一种笼统的办法，也是一种技术上简陋和没有出息的办法。
在本书的前面几章中曾不止一处的提到，我们的帝国是由几百万个农村聚合而成的社会。数以千万计的农民不能读书识字，全赖乎士绅的领导，村长里甲的督促，他们才会按照规定纳税服役。在法律面前，他们享有名义上的平等，而实际上，他们的得失甚至生死，却常常不决定于真凭实据而决定于审判官的一念之间。本朝的法律也没有维持商业信用、保障商业合同的规定，以此国际贸易无法开放，否则就会引起无法解决的纠纷。各地区按照其特殊需要而立法，更不能受到鼓励，因为会酿成分裂的局面。至于在文官集团内部，也无法通过组织系统集中这两万人的意见，必须假借谐音讽喻、匿名揭帖以及讨论马尾巴等等离奇的方法，混合阴阳，使大家在半信半疑之间渐趋统一。以上种种情况，在长时期里造成了法律和道德的脱节。治理如此庞大的帝国，不依靠公正而周详的法律，就势必依靠道德的信条。而当信条僵化而越来越失去它的实用价值，沦于半瘫痪状态中的法律也当然无法填补这种缺陷。
如果本朝的统治者感到了此路不通，企图改弦易辙，则必然会导致社会成员以自存自利为目的，天赋人权的学说又必然如影随形地兴起，整个社会就将遭到根本性的冲击。但是这种局面，在欧洲的小国里，也要在几百年之后，等市民阶级的力量成熟，才会出现，张居正和李贽正不必为此而焦虑。事实上，他们也不可能看得如此长远，他们企盼的自由，只是优秀分子或者是杰出的大政治家不受习俗限制的自由。
张居正是政治家，李贽是哲学家，他们同样追求自由，有志于改革和创造，又同样为时代所扼止。李贽近于马基雅弗利，但是他的环境不容许他像霍布斯洛克一样，从个人主义和唯物主义出发构成一个新的理论体系。他察觉到自己有自私自利的一面，别人也是如此，但他不能放弃孔子所提倡的仁。这样，他只好在形而上学中找到安慰——世间的矛盾，在“道”的范畴中得到调和而且消失。这在心学中也有类似的理论，即至善则无形，至善之境就是无善无不善。
这样的唯心主义已经带上了神秘的色彩，很难成为分析历史现象的有效工具。而另一方面，他思想中唯物主义的部分也并不彻底。这使李贽不可能从根本放弃以伦理道德为标准的历史观，因之自相矛盾的评论随时会在他笔下出现。比如他赞成寡妇守节殉夫，但对卓文君的私奔，又说是“归风求凰，安可诬也”。他斥责王莽、张角，但又原谅了很多历史人物，有如五代史中的冯道。这些人物的所作所为和当时的道德规范不相符合，李贽认为情有可原。因为，从长远来看，他们为国家人民带来了更多的利益。这些以远见卓识指导自己行动的人物，足以称为“上人”，而李贽自己能作出这种评论，则成了“上人”之上的“上上人”。
这些在理论上缺乏系统性的观点，集中在他编订的《藏书》之中。李贽对这部书自视甚高，称之为“万世治平之书，经筵当以进读，科场当以选士，非漫然也”，并且预言“千百世后”，此书必行。他认识到，他的观点不能见穿于他所处的社会，然而这个社会需要如何改造才能承认他的观点，在书中却不着一字。在今天的读者看来，他心目中的“千百世后”，皇帝仍然出席经筵，科场仍然根据官方所接受的历史观取士，则仍为一个矫饰的社会。
1601年初春，芝佛院被一场人为的火灾烧得四大皆空。据说纵火者乃是当地官吏和缙绅所指使的无赖。这一案情的真相始终未能水落石出，但却肯定与下面的一个重要情节有所关联。
李贽在麻城的支持者梅家，是当地数一数二的大户，家族中的代表人物梅国桢又正掌理西北军事。梅国桢有一个孀居的女儿梅澹然曾拜李贽为师，梅家的其他女眷也和李贽有所接触。这种超越习俗的行动，在当时男女授受不亲的上层社会里，自然引起了众人的侧目而视。但是李贽对舆论不加理睬，反而毫无顾忌地对澹然和她的妯娌大加称赞。他和她们往来通信，探讨学问。他著作中所提到的“澹然大师”、“澄然”、“明因”、“善因菩萨”等等，就是这几位女士。他说：“梅澹然是出世丈夫，虽是女身，男子未易及之。”又说：“此间澹然固奇，善因、明因等又奇，真出世丈夫也。”他在著作中，理直气壮地辩解自己和她们的交往完全合于礼法，毫无“男女混杂”之嫌，但是又不伦不类地写下了“山居野处，鹿系犹以为嬉，何况人乎”这些话。他把澹然比为观世音，并把和这几位女士谈论佛学的文稿刊刻，题为《观音问》。他还有一首题“绣佛精舍”的诗：“闻说澹然此日生，澹然此日却为僧。僧宝世间犹时有，佛宝今看绣佛灯。可笑成男月上女，大惊小怪称奇事。陡然不见舍利佛，男身衰隐知谁是？我劝世人莫浪猜，绣佛精舍是天台。天欲散花愁汝着，龙女成佛今又来！”
写作这些诗文函件的时候，李贽已年近七十，而且不断声称自己正直无邪，但是这些文字中所流露的挑战性，无疑为流俗和舆论所不能容忍。反对者举出十余年前李贽狎妓和出入于孀妇卧室的情节，证明他的行止不端具有一贯性；对这种伤风败俗的举动，圣人之徒都应该呜鼓而攻之。
事情还有更为深刻和错综的内容。李贽的这种行动，在当时的高级官僚看来，可以视为怪僻而不必和公共道德相联系。但下级地方官则不能漠然置之。因为他们负责基层的行政机构，和当地绅士密切配合，以传统思想作为社会风气的准则，教化子民。他们的考成也以此为根据。李贽的言行既然有关风化，也就是和官僚绅士的切身利益有关。然而如果把问题仅仅停留在这一点上，也还是皮相之谈。因为对官僚绅士自己来说，行为不检甚至涉及淫乱，本来是所在多有，毫不足怪。如果他们本人不事声张，旁人也可以心照不宣。李贽究竟无邪还是有邪，可以放在一边不管，关键在于他那毫无忌惮的态度。他公然把这些可以惹事生非的情节著为文字，而且刊刻流传，这就等于对社会公开挑战，其遭到还击也为必然。而且，他的声名愈大，挑战性就愈强烈，地方官和绅士也愈不能容忍，对他进行惩罚已属责无旁贷。这些人雇佣地痞打手焚烧芝佛院，行为可谓卑劣怯弱，但在他们自己看来，则属于卫道。
这次事件已经早有前兆。5年之前，即1596年，有一位姓史的道台就想驱逐李贽。仅仅因为李贽的朋友很多，而且大多是上层人物，这位道台才不敢造次，只是放出风声要对他依法处理。李贽对这种恐吓置若罔闻，于是史道台又声称芝佛院的创建没有经过官方批准，理应拆毁，李贽答辩说，芝佛院的性质属于私人佛堂，其创建“又是十方尊贵大人布施俸金，盖以供佛，为国祈福者”。答辩既合情合理，再加上知名人士从中疏通，这位道台没有再别生枝节，而李贽则自动作了一次长途旅行，离开麻城前后约计4年。他在山西访刘东星，登长城，然后买舟由大运河南返，在南京刊刻《焚书》，1600年又回到芝佛院。这次招摇的旅行使当地官绅更为痛心疾首，而尤其糟糕的是，他居然在给梅澹然的信上说麻城是他的葬身之地。是可忍，孰不可忍，官绅们既想不出更好的办法，只好一把火烧了他的栖身之地。事变发生以后，马经纶闻讯从通州赶来迎接李贽北上，并且慷慨地供应他和随从僧众的生活所需，使李贽的生活得以保持原状。在通州，也经常有朋友和仰慕者的拜访和请益，因此生活并不寂寞。
在生命中的最后一年里，他致力于《易经》的研究。因为这部书历来被认为精微奥妙，在习惯上也是儒家学者一生最后的工作，其传统肇始于孔子。李贽既已削发为僧，他已经了解到，所谓“自己”只是无数因果循环中间的一个幻影；同时，根深蒂固的儒家历史观，又使他深信天道好还，文极必开动乱之机，由乱复归于治，有待于下一代创业之君弃文就质。在1601年，李贽提出这一理论，真可以说切合时宜，也可以说不幸而言中。就在这一年，努尔哈赤创立了他的八旗制度，把他所属的各部落的生产、管理、动员、作战归并为一元，改造为半现代化的军事组织。而也是仅仅两年之前，这个民族才开始有了自己的文字。就凭这些成就，努尔哈赤和他的儿子征服了一个庞大的帝国，实质上是一个单纯的新生力量接替了一个“文极”的王朝。所谓“文极”，就是国家社会经济在某些方面的发展，超过了文官制度呆板的管制力量，以致“上下否隔，中外睽携”。努尔哈赤的部落文化水平低下，但同时也就在“质”上保持着纯真。舍此就彼，泰否剥复，也似乎合于《易经》的原则。
然而在这易代的前夕，李贽又如何为自己打算呢？即使其时李贽还不是古稀的高龄，他也用不着考虑这个问题了。因为问题已经为礼科给事中张问达所解决。张问达递上了一本奏疏，参劾李贽邪说惑众，罪大恶极。其罗织的罪状，有的属于事实，有的出于风传，有的有李贽的著作可以作证，有的则纯出于想当然。其中最为耸人听闻的一段话是：“尤可恨者，寄居麻城，肆行不简，与无良辈游庵院。挟妓女白昼同浴，勾引士人妻女入庵讲法，至有携衾枕而宿庵观者，一境如狂。又作《观音问》一书，所谓观音者，皆士人妻女也。”接着，给事中提醒万历皇帝，这种使人放荡的邪说必将带来严重的后果：“后生小子喜其猖狂放肆，相率煽惑，至于明劫人财，强搂人妇，同于禽兽而不足恤。”此外，由于李贽妄言欺世，以致佛教流传，儒学被排挤，其情已形极为可怕：“迩来缙绅大夫，亦有唪咒念佛，奉僧膜拜，手持数珠，以为律戒，室悬妙像，以为皈依，不知遵孔子家法而溺意于禅教沙门者，往往出矣。”而最为现实的危险，还是在于李贽已经“移至通州。通州距都下仅四十里，倘一入都门，招致蛊惑，又为麻城之续”。
皇帝看罢奏疏之后批示：李贽应由锦衣卫捉拿治罪，他的著作应一律销毁。
在多数文官看来，李贽自然是罪有应得，然而又不免暗中别扭。本朝以儒学治天下，排斥异端固然是应有的宗旨，但这一宗旨并没有经常地付诸实施。李贽被捕之日，天主教传教士、意大利人利玛窦（此人和李贽也有交往）早已在朝廷中活动，以后他还要继续传教，使一些大学士尚书乃至皇帝的妃嫔成为上帝的信徒。而万历皇帝和母亲慈圣太后则对佛教感觉兴趣。虽说在1587年曾经因为礼部的奏请，皇帝下令禁止士人在科举考试的试卷中引用佛经，但是在1599年，即李贽被捕前3年，他却告诉文渊阁的各位大学士，他正在精研“道藏”和“佛藏”。这还有行动可以作为证明：皇帝经常对京城内外的佛寺捐款施舍，又屡次派出宦官到各处名山巨刹进香求福，而好几次大赦的诏书中，更充满了佛家慈悲为本的语气。所以，要把提倡异端的罪魁祸首加之于李贽，毕竟不能算做理直气壮。
但是另一方面，李贽之所以罪有应得，则在于张问达的奏疏具有煽动的力量，而他使用的“罗织”方法，也把一些单独看来不成其为罪状的过失贯穿一气，使人觉得头头是道。何况把可能的后果作为现实的罪行，也是本朝司法中由来已久的习惯。而全部问题，说到底，还在于它牵涉到了道德的根本。
从各种有关的文字记载来看，李贽在监狱里没有受到折磨，照样能读书写字。审讯完毕以后，镇抚司建议不必判处重刑，只需要押解回籍了事。根据成例，这种处罚实际上就是假释，犯人应当终身受到地方官的监视。但不知何故，这项建议送达御前，皇帝却久久不作批示。
一天，李贽要侍者为他剃头。乘侍者离开的间隙，他用剃刀自刎，但是一时并没有断气。侍者看到他鲜血淋漓，还和李贽作了一次简单的对话。当时李贽已不能出声，他用手指在侍者掌心中写字作了回答：
问：“和尚痛否？”
答：“不痛。”
问：“和尚何自割？”
答：“七十老翁何所求！”
据说，袁中道的记载，在自刎两天以后，李贽才脱离苦海。然而东厂锦衣卫写给皇帝的报告，则称李贽“不食而死”。
从个人的角度来讲，李贽的不幸，在于他活的时间太长。如果他在1587年即万历十五年，也就是在他剃度为僧的前一年离开人世，四百年以后，很少再会有人知道还有一个姚安知府名叫李贽，一名李载贽，字宏父，号卓吾，别号百泉居士，又被人尊称为李温陵者其事其人。在历史上默默无闻，在自身则可以省却了多少苦恼。李贽生命中的最后两天，是在和创伤血污的挣扎中度过的。这也许可以看成是他15年余生的一个缩影。他挣扎，奋斗，却并没有得到实际的成果。虽然他的《焚书》和《藏书》一印再印，然而作者意在把这些书作为经筵的讲章，取士的标准，则无疑是一个永远的幻梦。
我们再三考虑，则又觉得当日李贽的不幸，又未必不是今天研究者的幸运。他给我们留下了一份详尽的记录，使我们有机会充分地了解当时思想界的苦闷。没有这些著作，我们无法揣测这苦闷的深度。此外，孔孟思想的影响，朱熹和王阳明的是非长短，由于李贽的剖析争辩而更加明显；即使是万历皇帝、张居正、申时行、海瑞和戚继光，他们的生活和理想，也因为有李贽的著作，使我们得到从另一个角度观察的机会。
当一个人口众多的国家，各人行动全凭儒家简单粗浅而又无法固定的原则所限制，而法律又缺乏创造性，则其社会发展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能补助技术之不及。1587年，是为万历十五年，丁亥次岁，表面上似乎是四海升平，无事可记，实际上我们的大明帝国却已经走到了它发展的尽头。在这个时候，皇帝的励精图治或者宴安耽乐，首辅的独裁或者调和，高级将领的富于创造或者习于苟安，文官的廉洁奉公或者贪污舞弊，思想家的极端进步或者绝对保守，最后的结果，都是无分善恶，统统不能在事业上取得有意义的发展，有的身败，有的名裂，还有的人则身败而兼名裂。
因此我们的故事只好在这里作悲剧性的结束。万历丁亥年的年鉴，是为历史上一部失败的总记录。
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