“MEGA是一款免费的生物信息学软件，可以用于分子进化的各个方面，包括序列比对、构建进化树、分子时钟分析、种群遗传学、序列分类等。除了一般的序列文件，MEGA还可以用于处理分子标记数据、SNP数据、基因组数据等。MEGA的界面友好，使用起来方便，同时还提供了广泛的教学资源和帮助文档。因此，MEGA被广泛应用于生物学、生物信息学、医学等领域的研究和教学。” -- chatGPT
不过，总的来说，我们大多数人使用 MEGA 还是用于：
- 多序列比对
- 构建进化树：NJ 树 和 ML 树
- 进化树美化
MEGA 的安装
对于 MEGA 下载，请自行了解。此处，直接使用教程准备好的安装包。有需要的朋友可以到对应共享仓库下载。
进入
mega文件夹
选择合适的安装器文件，双击执行即可
剩余步骤一路点 next。
如此即可安装完成
MEGA 构建进化树
准备一个蛋白序列文件，比如拟南芥ARF家族的蛋白序列
进入界面
打开蛋白序列文件
会弹出对话框
进入序列比对对话框
点击Alignment选择 Align by Muscle
其他一般保持默认就可以了
随后等待执行结束，即可发现序列都对齐了
得到比对好的结果，则可以进行进化树构建
点击 Data 菜单，选择 Phylogenetic Analysis 让 Mega 自动转换好文件格式，随后关闭窗口即可。此时会回到 MEGA 主窗口
选择 Analyses ，选择 Phylogeny 中的某一项，即可开始建树
构建 NJ 树
选择构建 NJ 树（作为示例），一般 NJ 树按照默认参数就可以了
随后点击 OK 就可以了。
一般等待即可，速度取决于线程数以及电脑CPU。运行结束，会自动显示进化树。
比如对不同的分支做标记
点击OK可以看到结果
也可以调整其他，比如调整Layout
具体参数较多，可以自行调试。
构建ML树
相比于距离法建树（如NJ），构建最大似然树，对模型要求会高一些。一般我们会先基于数据，测验一个最优模型
回到前面开始建树的界面
选择寻找最合适模型，其他一般默认就行，其实参数和NJ树构建类似
可以看到，正在测试不同氨基酸替换模型
我的笔记本大概跑了30min
速度...还行吧，其实真挺慢。运行结束，会自动弹出窗口
一般选择第一个模型就行，记住这个模型 JTT+G
随后可以开始构建ML树
选择模型以及需要的补充参数
点击 Start 即可开始建树。注意，ML树构建比 NJ 树慢得多，可能需要跑一整天。
建树完毕，与 NJ 树构建后操作类似。
导出进化树文本
操作简单，菜单左上角。另外保存图片等，自行摸索即可
写在最后
Emmm，备课期间，顺手记录一下，或许也方便其他人。至于共享软件仓库，请参考
https://tbtools.cowtransfer.com/s/97e50e9f762d44
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