美文网首页
MEGA 构建进化树 | 生信分析常用GUI软件介绍与安装

MEGA 构建进化树 | 生信分析常用GUI软件介绍与安装

作者: 生信石头 | 来源:发表于2023-05-07 14:45 被阅读0次

    “MEGA是一款免费的生物信息学软件,可以用于分子进化的各个方面,包括序列比对、构建进化树、分子时钟分析、种群遗传学、序列分类等。除了一般的序列文件,MEGA还可以用于处理分子标记数据、SNP数据、基因组数据等。MEGA的界面友好,使用起来方便,同时还提供了广泛的教学资源和帮助文档。因此,MEGA被广泛应用于生物学、生物信息学、医学等领域的研究和教学。” -- chatGPT
    不过,总的来说,我们大多数人使用 MEGA 还是用于:

    1. 多序列比对
    2. 构建进化树:NJ 树 和 ML 树
    3. 进化树美化

    MEGA 的安装

    对于 MEGA 下载,请自行了解。此处,直接使用教程准备好的安装包。有需要的朋友可以到对应共享仓库下载。


    进入mega文件夹

    选择合适的安装器文件,双击执行即可


    剩余步骤一路点 next。

    如此即可安装完成

    MEGA 构建进化树

    准备一个蛋白序列文件,比如拟南芥ARF家族的蛋白序列



    进入界面



    打开蛋白序列文件


    会弹出对话框



    进入序列比对对话框

    点击Alignment选择 Align by Muscle

    其他一般保持默认就可以了

    随后等待执行结束,即可发现序列都对齐了

    得到比对好的结果,则可以进行进化树构建



    点击 Data 菜单,选择 Phylogenetic Analysis 让 Mega 自动转换好文件格式,随后关闭窗口即可。此时会回到 MEGA 主窗口

    选择 Analyses ,选择 Phylogeny 中的某一项,即可开始建树

    构建 NJ 树

    选择构建 NJ 树(作为示例),一般 NJ 树按照默认参数就可以了



    随后点击 OK 就可以了。



    一般等待即可,速度取决于线程数以及电脑CPU。运行结束,会自动显示进化树。

    比如对不同的分支做标记




    点击OK可以看到结果

    也可以调整其他,比如调整Layout

    具体参数较多,可以自行调试。

    构建ML树

    相比于距离法建树(如NJ),构建最大似然树,对模型要求会高一些。一般我们会先基于数据,测验一个最优模型
    回到前面开始建树的界面



    选择寻找最合适模型,其他一般默认就行,其实参数和NJ树构建类似



    可以看到,正在测试不同氨基酸替换模型

    我的笔记本大概跑了30min

    速度...还行吧,其实真挺慢。运行结束,会自动弹出窗口



    一般选择第一个模型就行,记住这个模型 JTT+G
    随后可以开始构建ML树

    选择模型以及需要的补充参数

    点击 Start 即可开始建树。注意,ML树构建比 NJ 树慢得多,可能需要跑一整天。
    建树完毕,与 NJ 树构建后操作类似。

    导出进化树文本

    操作简单,菜单左上角。另外保存图片等,自行摸索即可


    写在最后

    Emmm,备课期间,顺手记录一下,或许也方便其他人。至于共享软件仓库,请参考

    https://tbtools.cowtransfer.com/s/97e50e9f762d44
    

    相关文章

      网友评论

          本文标题:MEGA 构建进化树 | 生信分析常用GUI软件介绍与安装

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/rgbhsdtx.html