Original montreal 生信人 2018-05-25
风靡全球的系统进化树操作软件MEGA 又出新版本啦！
5月2日，MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）的最新版本MEGA X在著名分子进化杂志Molecular Biology and Evolution（业内一般简称MBE）上正式刊出。
MEGA的上一版本要追溯到的2016年的MEGA7了，这一版的名字叫MEGA X。小编一时没太看懂，莫非X是罗马数字10的意思？文章慢慢看下去，才发现根本不是这个意思。其实文章的标题已经点到了，摘要里说的就更清晰了：
联想X的形状，显然，这里的X不是第十版的意思，而代表了cross-platform。为什么是跨平台呢？如果小编没有记错的话，之前的MEGA版本都是运行在Windows操作系统的。其在老版本的MEGA在其他操作系统的运行需要通过虚拟环境等方法。而这一障碍在MEGA X中得到了解决。小编试了一下，选择Ubuntu/Debian，果然只有MEGA X有提供，MEGA 7是没有的。
既然在版本上没有升级，主要亮点是跨平台运行，那么大家对MEGA X在功能上的更新可能需要调低一下期待值了。我们来看一下MEGA X有什么新功能。
我们前往https://www.megasoftware.net/history，可以看到实际上早在今年二月份，MEGA X就已经在去网站公布了，只不过文章迟了一步。其主要updates如下
可以看到，与早前的版本想比，其功能上的更新幅度并不是很大。
如下图，分别是MEGA 7， MEGA6第一次发行时的更新说明
小编下载安装了MEGA X。小编感觉其基本上延续了MEGA传统版本上手容易、风格全面、简洁生动的特点。其界面与MEGA 7相比更加友好了。
左为MEGA X 右位MEGA 7
让我们再看看文章里面的图2：怎么样，是不是界面焕然一新的感觉？
小编选择了MEGA自带的数据集
（植物叶绿体蛋白序列，由不同基因拼接起来），对MEGA X和MEGA X进行了一番建树方面的比较。选取的方法是最大似染法（maximum likelihood）。4个线程，100次bootstrap检验。为简化计算节约时间，其他参数都选择默认。
MEGA X（左）和MEGA 7（右）得到了相似的结果：
时间方面MEGA X为22分钟，MEGA 7为30分钟，可见MEGA X的提速还是可以的。对于MEGA X其他更新的性能，讲实话小编觉得或者是小的更新，或者并不太清楚，所以窃以为MEGA X较以前版本带给用户最大的improvement也许就是多核和跨平台的使用吧。当然具体花费的时间还会因使用的电脑性能而已。
值得一提的是，这次MEGA X的论文选择发表的文章体裁（type）是简约通讯（Brief Communication）。小编查了一下，该体裁的文章在MBE上只发表过三篇，不知道是不是专登为了MEGA X等软件新推出的呢？另外，MEGA X投稿时间和接收时间多少令人玩味，从投稿到接受只有11天。
btw：小编吐槽一下，为什么小编之前的不少稿件（当然并不一定是该杂志）在11天的时候还未送外审呢？
我们看一下MBE杂志对于节约通讯这种文体的介绍可以明白一些了。
原来，它是由编辑担任主要审稿人（primary peer reviewer），上图写的很清楚。小编还是斗胆发表一下自己的疑惑：如果只有编辑进行审查，是否称得上是peer review呢？另外，由上图所示，MBE的简约通讯需要very significant and immediate impact on scientific community，且在750个英文单词以内，简而言之，就是简约而不简单！看看MEGA 7吧，自16年5月发表以来，截止18年5月引用数目已达到惊人的4962次,MEGA6自13年10月发表以来更是达到了难以置信的22000余次引用（谷歌学术），所以，我们有理由相信MEGA X也一定可以给超级多的研究人员提供很大帮助。再者，可能有读者也了解到，MEGA X的第一作者，美国天普大学（Temple University）教授Sudhir Kumar先生，恰是MBE杂志的主编（关于该话题更多内容也可以点击生信人之前的这篇推送:进化树专题四）。总之，小编窃以为，以上这些原因结合起来，MEGA X的火速出刊似乎也就不足为奇了吧。
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作者原创，原载于生信人微信公众号
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