从基因组中提取exon,intron等

作者: V_b986 | 来源:发表于2022-09-18 13:21 被阅读0次

从基因组中提取exon,intron等
从ensembl提取intron序列更新中
【技能】使用Python提取基因结构bed文件
关于readsCount、RPKM/FPKM、RPM、TPM的理
根据GTF文件，提取基因组中Exon、Intron、Interg
EIciRNA如何在细胞核内调控自身基因的转录
统计注释出的基因数目，基因长度，外显子和CDS长度
bioconductor
从vcf文件提取exon中的snp和Indel
根据.gff注释文件和基因组(.fna)提取目标区域序列并计算G

1，从gtf中提取外显子

awk 'BEGIN{OFS="\t";} $3=="exon" {print $1,$4-1,$5}' Iyun.gtf |bedtools sort |bedtools merge -i - > my_exon.bed

提取内含子

awk 'BEGIN{OFS="\t";} $3=="transcript" {print $1,$4-1,$5}' Iyun.gtf |bedtools sort |bedtools subtract -a stdin -b my_exon.bed.gz > my_intron.bed

3.网站

[GitHub - davetang/defining_genomic_regions: Define regions in the genome](https://github.com/davetang/defining_genomic_regions)

从基因组中提取exon,intron等
1，从gtf中提取外显子提取内含子 3.网站
从ensembl提取intron序列更新中
从gff3提取intron的坐标信息： # 提取mRNA和exon信息： awk '{if ($3 == "mRN...
【技能】使用Python提取基因结构bed文件
为了方便提取基因结构，写了一个简单的Python脚本，支持提取： exon intron UTR CDS star...
关于readsCount、RPKM/FPKM、RPM、TPM的理
背景 feature 定义：基因组上对具有不同性质区域的定义 (例如：gene/exon/intron/miRNA...
根据GTF文件，提取基因组中Exon、Intron、Interg
目标：根据下载的GTF文件，利用bedtools提取基因组的不同区域。实例：见参考的网站参考： 1、htt...
EIciRNA如何在细胞核内调控自身基因的转录
Exon-intron circular RNAs regulatetranscriptionin the nuc...
统计注释出的基因数目，基因长度，外显子和CDS长度
做完基因组注释后需要统计一下基因长度，CDS长度和intron以及exon长度。 1.首先统计基因数目，直接使用l...
bioconductor
名词： gene model (e.g., exon, intron, splice site, etc.) pr...
从vcf文件提取exon中的snp和Indel
首先制作bed格式的文件包含基因组全部的外显子区域坐标如下：从vcf文件中提取位于exon区域的变异位点
根据.gff注释文件和基因组(.fna)提取目标区域序列并计算G
这几天需要做八十多个种的比较基因组，网上找了半天没有提取intron（内含子区）和intergenic regio...