.h5ad

https://www.jianshu.com/p/18006139bbed

1. 用 R 读取 .h5ad 文件

https://zhuanlan.zhihu.com/p/536689985
https://zhuanlan.zhihu.com/p/585630750
https://www.jianshu.com/p/68ff0e3f8231

require(SeuratDisk)
require(patchwork)

Convert("path/to/.h5ad", "h5seurat", overwrite = TRUE, assay = "RNA")   '#将.h5ad转换为h5seurat格式

seurat_object <- LoadH5Seurat("path/to/.h5seurat")   #读取h5seurat格式文件为seurat格式

2. 用 python 读取 .h5ad 文件

https://wenku.csdn.net/answer/53y964qqjq

import anndata as ad

kk=ad.read_h5ad("path/to/.h5ad")

kk

kk.obs

3. 将 h5ad 转换为 seurat

https://zhuanlan.zhihu.com/p/648678554

• 1. 将 h5ad 转换为 h5seurat
Convert("path/to/object.h5ad", "h5seurat", overwrite=TRUE, assay="RNA")
• 2. 读取 h5seurat 为 seurat
seurat_object <- LoadH5Seurat("path/to/h5seurat.h5ad")

4. 将 seurat 转换为 h5ad

https://zhuanlan.zhihu.com/p/648678554

• 1. 将 seurat 存储为 h5seurat
SaveH5Seurat(seurat_object, filename = "path/to/.h5Seurat")
• 2. 将 h5seurat 转换为 h5ad
Convert("path/to/.h5Seurat", dest = "h5ad")

5. .h5ad 的文件结构

https://anndata.readthedocs.io/en/stable/generated/anndata.AnnData.html#anndata.AnnData

6. .h5ad 的数据提取

https://anndata.readthedocs.io/en/stable/generated/anndata.AnnData.html#anndata.AnnData