1. h5ad文件读取：
import scanpy as sc
mdata=sc.read('mdata.h5ad')
mdata.write_csvs('mdata',skip_data=False)
如果不设置skip参数的话，不会写出表达矩阵到csv。
本步骤主要用于h5ad和Seurat格式转换。服务器版本太旧，无法直接转换
1. h5ad文件读取：
import scanpy as sc
mdata=sc.read('mdata.h5ad')
mdata.write_csvs('mdata',skip_data=False)
如果不设置skip参数的话，不会写出表达矩阵到csv。
本步骤主要用于h5ad和Seurat格式转换。服务器版本太旧，无法直接转换
1. h5ad文件读取： import scanpy as sc mdata=sc.read('mdata.h5a...
本教程演示了如何使用Scanpy处理空间转录组学数据。scanpy分析空间转录组数据[https://scanpy...
学习资料来源： scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/...
学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[...
学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[...
学习资料来源： scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/...
学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[...
学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[...
scanpy软件官网：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/lat...
Seurat抽样 scanpy抽样
本文标题：Scanpy一些应用总结
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/ujgyvrtx.html
网友评论