来Snyder lab有一个半月了,简单总结下这一个半月里面做了什么,然后再列举一下接下来一个月要做的主要事情。
主要做了的事情:
- 熟悉了组里面大家现在在做什么课题,看了组里面近期发表的主要文章
- 看了科研修炼手册,从设计课题的角度,学习了做课题时候的一些套路,以及现在生物医学领域有哪一些topic做的人比较多
- 重新学习几个常用的机器学习的方法,包括:
- Linear regression
- Logistic regression
- Lasso
- Ridge regression
- Decision tree
- Random forest
- Artificial neuron network
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更加深入学习了ATAC-Seq analysis pipeline,并正在更加深入学习RNA-Seq analysis pipeline,目的是能够全面了解现在最优的分析工具,减少做这些数据时候的分析时间,并且深入了解每一步分析是如何做的,如何评估一个测序数据的好坏。
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确定了现在主要做的两三个课题
接下来一个月要做的:
- 建立自己的自动化的RNA-Seq analysis pipeline
- 建立自己的start-to-end的DNA methylation analysis pipeline
- 推进methylation课题的分析
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