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2021-05-28 EigenGWAS 使用排雷记录(非正式)

2021-05-28 EigenGWAS 使用排雷记录(非正式)

作者: 小郑的学习笔记 | 来源:发表于2021-05-28 22:20 被阅读0次

这几天一直在上海 北京交流,和很多实验室的老师同学一起讨论问题,感觉学到了非常多的知识。

虽然EigenGWAS 已经基本成型,在线网站 www.eigengwas.com 也已经做好发布,但是目前来看很多实验室在使用EiegenGWAS 的过程中还是遇到了很多的问题,特别是数据量大了之后,要么是跑不动,要么是P值的精度出现问题,导致曼哈顿图奇形怪状。经过交流和排查,这些问题基本上都解决了,我也是记录一下,以免以后忘记。

PS.其实软件还在不断完善和更新,所以要及时关注新的内容

  1. 在线网站www.eigengwas.com 数据上传问题(只有一个文件)
    需要同时选择三个文件(bed bim fam)一起上传才行,一个一个选择的话,最后只有一个文件会上传。

2.如果用Rstudio跑程序, 需要用管理员权限运行

  1. 命令行版本的eigengwas, 因为软件封装了plink,所以要chomd 777 (我的行为有点粗暴) plink,才能正常运行

  2. 需要对应的安装R包,记得换版本

  3. 本地版本的EigenGWAS适合跑大数据,可以根据需要不断进行调试

  4. 目前有些图画出来不行,其实原因非常复杂,有数据质量的问题,有标记本身的问题,也有质控没有做好,需要case by case 才能确定

  5. 问题继续更新,我会继续搜集问题。

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