flash双端reads拼接成一条

作者: xuuuuuuuuuuuuux | 来源:发表于2019-10-18 13:27 被阅读0次

flash双端reads拼接成一条
FLASH 合并双端测序reads
flash软件合并双端reads
NGS020 测序数据量估算
WDL-第4学
基因组拼接中常见的名词解释
Contig N50和Scaffold N50
知道高通量测序也应该知道这些
RNA-seq基础知识
高通量测序中，read、contig和Scaffold分别是什么

命令:


/share/nas2/genome/biosoft/FLASH/flash ../extract_virus_fq/Human_H240-R01-I_good_1.fq ../extract_virus_fq/Human_H240-R01-I_good_2.fq -o R01.fq > R01.log

生成以下文件


[liaoqp@hpc03-c-0-12 FLASH]$ ls R01.*

R01.extendedFrags.fastq  R01.histogram  R01.notCombined_1.fastq

R01.hist                R01.log        R01.notCombined_2.fastq

*extendedFrags.fastq为拼接后的reads文件

.histogram为拼接后的长度分布图，直接号的长度代表分布

*.hist为长度分布的数字显示(用于作图)

flash双端reads拼接成一条
命令: 生成以下文件 *extendedFrags.fastq为拼接后的reads文件 .histogram为拼接...
FLASH 合并双端测序reads
FLASH (Fast Length Adjustment of SHort reads) 是一个快速且精确的双端...
flash软件合并双端reads
网页： http://ccb.jhu.edu/software/FLASH/ 用处：有时候测得双端但是后续分析只...
NGS020 测序数据量估算
1.单端测序数据量=reads长度 × reads个数 2.双端测序数据量=单端reads长度 × 单端rea...
WDL-第4学
问题：用flash批量完成数据的拼接，这里面学到的知识点用struct构建reads的批量输入可选择参数解决...
基因组拼接中常见的名词解释
Reads：高通量测序平台产生的序列就称为reads。 Contig：拼接软件基于reads之间的overlap区...
Contig N50和Scaffold N50
对一条染色体进行测序，将测序得到的reads进行拼接，能够完全拼接起来，中间没有gap的序列称为contig。如...
知道高通量测序也应该知道这些
1. 什么是reads 高通量测序平台产生的序列成为reads 2. 什么是contig 拼接软件基于reads之...
RNA-seq基础知识
单端测序和双端测序单端测序只有一种测序引物，使得PCR只能沿着这个引物的方向进行，所有的 reads 都只能按...
高通量测序中，read、contig和Scaffold分别是什么
1.什么是Reads? 高通量测序平台产生的序列就称为reads。 2.什么是Contig？拼接软件基于read...