LeDock的安装与使用

LeDock的安装与使用 - 腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)

下载LeDock

wget http://www.lephar.com/download/ledock_linux_x86

下载LePro（用于准备蛋白，除去配体和水分子）

wget http://www.lephar.com/download/lepro_linux_x86

下载LeWater（显水对接更精确）

wget http://www.lephar.com/download/lewater_linux_x86

下载LeFrag（将配体拆分成单独的mol2文件，用于对接）

wget http://www.lephar.com/download/lefrag_linux_x86

lepro 1h9z.pdb

（处理：去掉杂原子和加氢，完成后会得到pro.pdb和dock.in配置文件，Receptor就是pro.pdb，RMSD下的1.0是为了防止生成的构象冗余（确保产生的构象多样性）进行聚类的阈值，Bindingpocket下面的三行是对盒子的描述，我们接下来会介绍如何确定盒子的大小；Numberof binding poses下的20是产生的构象数目，这里我们改为30，以便产生更多的构象来比较；Ligand list下的ligands是含有配体的一个文本文件）

3,得到对接盒子的坐标
使用pymol自带的插件getbox来进行

fetch 1h9z 
cmd.remove('solvent')   #移除溶剂
cmd.select('sele', 'resn RWF') #选中复合物中的小分子配体
cmd.show('sticks', 'sele') #用sticks方式展示小分子
getbox (sele), 5  #以配体为中心生成盒子，extending设置成5埃\

结果会得到binding pocket的坐标（与vina相比，为center+/-max）

4,处理小分子

从ZINC15获得小分子，这里是一个叫“OKANIN”的化合物，在“substances”下搜索，下载为substances.mol2（因为就一个化合物，可以直接将化合物的名字粘贴到ligands.list中）

用lefrag处理小分子

lefrag -spli substances.mol2 #将文件进行分割
ls *.mol2 > ligands.list  #生成ligands文件

5,对接

ledock dock.in （处理蛋白时生成，需要自己修改具体的名称和参数，这个有很多小分子，CUP占用率25%）
ledock -spli substances.dok（将dock后的文件分开为单独的**.pdb格式，便于查看结构;substances为配体名称，根据实际情况自己修改，有H键直接会显示出来。）

6,Pymol查看结果