陈博士睡梦中想到了灯塔，无论白天还是夜晚，灯塔总是在那里，即使你不曾关注它的时候它也不曾远离。陈博士找到林云并把这个想法告诉了林云，这个想法解释了为什么苏联成功制造了27次球状闪电然而没有两次的实验参数是相同的，那是因为球状闪电本来就在那里，苏联的实验只是激发了正好在附近的球状闪电。
为了这个想法，林云迅速的调集相关资源开始验证，这一想法同时也得到了林云父亲的支持。也正是在这个时候陈博士才首次接触到了林云的家庭，原来林云的父亲是共和国的三星上将，总装备部的六号首长。林上将在私下里向陈博士透漏自己的女儿有暴力倾向，让陈博士留意自己女儿的危险行为，并暗示陈博士可以成为自己的女婿。
关于陈博士想法的验证很成功，几乎不费吹飞之力就人工激活了球状闪电。然而面对球状闪电这一神秘的物体，林云和陈博士都显得手足无措，这个时候他们请到了一个物理学界的超人——丁仪。丁仪经过周密的计算确认了球状闪电只是一个宏观上的电子，在空气中大量存在，并且是肉眼可见的。经过一番尝试，球状闪电研究基地捕获了大量未激活状态下的球状闪电，并开始了其用于武器领域的研究。
球状闪电武器获得了有关部门的重视，并为此成立了一支特种部队——晨光。晨光唯一的一次胜迹发生在一次核电站的恐怖事件中。为了将危险降到最小，现场指挥官听从了林云的建议将核电站内的所有人员用球状闪电武器全部杀死，这其中包含了近三十名小学生，在一瞬间那些孩子们都被球状闪电烧成了灰烬，只留下了一个小女孩儿的半截手臂。陈博士看着小女孩儿那青葱般洁白的半截手臂，想向着小女孩儿生前的活泼可爱，终于不堪忍受林云的冷酷无情。他研究球状闪电只是为了解开这困惑人们两个世纪之久的不解之谜，同时将其造福人类，但现在他的研究成果却被用来杀害那些无辜之人，最终他选择与自己的女神林云进行告别。
陈博士永远记得林云为她送行的那一幕，漫山金黄的背景，秋风吹落的黄叶在林云的脚下汇成一条金黄色的河流，这是林云在陈博士记忆中的最后一幅画面，也是林云在陈博士记忆中少有的高光时刻，然而从这一刻开始，陈博士就已经知道她和林云再也不可能了。
如果球状闪电是一个宏观上的电子，那么也一定存在宏观上原子核，宏原子核发生的核聚变该是多么强大的一件超级武器。在和陈博士告别之后林云和丁仪继续进行着宏原子核作为武器的可行性。
和林云告别之后，陈博士回归了正常生活，为大气预报做出了卓越的贡献，将之前在球状闪电研究基地捕捉球状闪电的系统进行了简化引入到了大气预报领域。并在国际上取得了卓越的名声。然而美国学者将陈博士的大气预报系统加以改善运用到了军事领域，并用此制造了一场自然界中从来不曾存在过的超级龙卷风摧毁了珠峰号航空母舰编队，江星辰因此殉职。这件事对陈博士的触动十分巨大，他一直主张和平，不希望自己的研究用于军事领域，然而正是自己的研究成果被敌人运用之后使自己的国家在战争中失去了胜利的希望，也使得自己的朋友殉职。他因此开始通过各种渠道想联系林云和球状闪电研究基地想做出力所能及的帮助，然而一切都已太晚，研究基地都已人去楼空，林云和林云父亲的号码都已无法接通。通过单位的渠道也无法联系上球状闪电研究小组的任何人。
突然有一天陈博士的办公室停电了，出去看了下发现附近所有的办公楼、商场、住宅都处在停电之中，所有的电子线路都处在被烧毁的状态，陈博士安排办公室里的几个年轻人开车出去查看情况发现几百公里以内都处在停电的状态。大家最终了解到方圆1300公里的范围内都处在电子线路被烧毁的停电状态。国际社会宣称这是外星人的科技手段，然几天以后传来了美国单方面宣布投降的消息。听到这个消息无数人开始走上街头互相拥抱，陈博士也是其中之一，拥抱了数人之后喝了点小酒的陈博士感觉到自己怀里抱着的是个女人，于是睁开眼睛和怀里的女人互相看了下发现正是自己本科时的班花，于是一个月之后两个人结了婚，并且有了自己的儿子。
生存是一种幸运，然而不知从何时起人们把这种幸运当成了理所当然的事情。中国人总是被他们当中的最勇敢者保护的很好的同时，却也在背后对最勇敢者进行谩骂与指责。这段话用来描述林云和陈博士也并不为过。
与陈博士告别之后，林云和丁仪继续进行着宏原子核作为武器的研究，然而一切都死毫无头绪。张彬的死使这一切都成为可能。张彬作为国内球状闪电研究的先驱，在死后遵其遗愿对其进行了球状闪电的焚化，并将其葬在了八宝山，张彬的妻子郑敏在张彬的墓碑上写下了密密麻麻的推导公式，并最终给出了宏原子核聚变的相对速度。在这些公式消失之前丁仪一字不差地记了下来，按照郑敏的指引搜集到了100多颗宏原子核，并在西北荒漠地区打算进行宏原子核聚变实验。知女莫若父，林上将希望女儿不希望女儿变成一个杀人狂魔，希望她远离武器的研究，于是派出了一只军队希望暂时把女儿押送回北京。然而江星辰的死对林云造成了巨大的影响，使得一直坚强的她变得十分脆弱，甚至出现了以球状闪电杀死自己，然后自己里量子态去偷袭美国航空母舰的极端想法。在得知父亲要终止核聚变实验时，林云鼓动追随者武装夺取了核聚变实验的控制室并不过自己生死地强行启动核聚变实验。
林上将命令命令导弹发射基地就地将核聚变实验室摧毁，然而终是完了半步，导弹还未击中目标时核聚变实验便已完整，方圆1300多公里内的集成电路被摧毁，三分之一的国土处在无防御的状态。然而正是这次举动使得美国等国家知道了共和国有了新的超级武器，可以在极端的时间内将全球拉回到农耕时代，于是单方面的宣布投降并撤军。
被宏原子核聚变烧成灰烬的林云以另一种量子态存活，与另一种意义上的身前不同。她展露了她作为一个美丽女性内心柔软的一面，她变成了陈博士希望的那样，温婉、知性且充满爱心，量子态的她从军人变成了一个教师，她和那群被球状闪电杀死的孩子们在一起，怀里抱着一个少了半截小臂的女孩儿。当陈博士在丁仪的家里发现林云那张照片的时候就知道，林云再也不可能属于她了。也许这就是人生的遗憾吧，在整个时代的背景下，个人的悲欢离合总是显得那么渺小，我们都有自己想要却无法得到的东西，也许这就是人生吧。
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