samtools 方法

samtools depth input.bam

结果
chr1 1 1
chr1 2 2
chr1 3 2

bedtools 方法

bedtools  genomecov -ibam input.bam -d > sample.depth

结果
chr1 1 1
chr1 2 2
chr1 3 2

Note: samtools 默认会过滤低质量比对信息，bedtools 考虑全部的比对信息

上面软件只能得到每个位点的覆盖深度,要得到1 - 1000 位置的平均深度还要单独计算。
modepth 是发表在生物信息学杂志上一款专门计算比对深度的软件。
-t 线程 -b 滑动窗口 -Q 比对质量值 -F 过滤的flag 值前缀 depth 排序后的bam 文件

mosdepth -t 12    -b 50000 -Q 1 -F 3840 depth  hifi.sorted.bam

mosdepth GitHub
参考

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