a) bwa比对
b) samtools depth -a *.bam > base_depth.txt ##-a 输出所有位点，包括未被覆盖到的位点
a) sambamba index *.bam -t 40
b) sambamba depth window -t 40 -w 150 --min-coverage=0 *_sorted.bam > 150base_depth.txt ##-w设置window大小
1.Busco完整度评估； 2.测序深度、覆盖度评估； 2.1使用samtools计算每个位点的测序深度 a) b...
1. 组装基因组质控 得到组装好的基因组序列之后，首先要使用多种方法评估组装质量。这里用到2款可用于基因组组装质量...
一款用于评估基因组质量的新方法 一般用于评估的方法 二代reads 比对率； 偏向于重复序列... BUSCO；仅...
零、相关概念 一、数据质控控制 二、 kmer基因组评估 三、基因组拼接 第四步、评估组装结果 五、基因注释
BioNano以cmap格式存放光学图谱，为了评估基因组的组装质量或者了解光学图谱中冗余情况(高杂合基因组组装结果...
基因组和转录组组装质量评估利器——BUSCO（Benchmarking Universal Single-Copy...
基因组组装完成后，可通过N50或者BUSCO，以及LAI评估组装质量。本文就LAI方法做一简单介绍。 基因组中的重...
(1) 序列一致性评估 较高的mapping rate（90%以上）以及coverage（95%以上）认为组装结果...
转载自 LAI: 评估基因组质量一个标准 基因组组装完成之后，就需要对最后的质量进行评估。我们希望得到的cont...
细菌基因组组装金标准：GAGE-B 组装软件的选择 细菌基因组组装的目标不同于大型生物基因组的组装，大型基因组组装...
本文标题：merqury组装基因组评估：未完成
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