转录组不求人系列(十一): R语言绘制不一样的韦恩图

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韦恩图本来是不想说的，因为很简单，也有在线工具，然而还是有小伙伴询问如何制作韦恩图，那种韦恩图的元素大小用不同大小的圈表示，在线工具可以实现：http://www.biovenn.nl/index.php

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但是架不住很多人问R语言如何做，所以还是说一下韦恩图的R画法。同时，也将这个内容升级一下，平常我们见到的韦恩图最多也就是4个集合，但是当大于4的时候，韦恩图可以画出来，可是可视化的效果乱七八糟，导致结果没有任何意义。所以这里也提供一种不一样的集合元素的展示方法，本质是韦恩，但是在展现方式上更加具有优势。

一、R语言绘制韦恩图---集合元素多少用不同大小的圈表示

绘制这种韦恩图需要用到的是Vennerable包：

install.packages("devtools",repos="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
library(devtools)
install_github("js229/Vennerable")
library(Vennerable) #加载

之后准备数据并读入，每个集合是一个list：

setwd("E:/生物信息学/转录组韦恩图")
A <- read.csv("韦恩图.csv")
Set1 <- as.list(A$Set1)
Set2 <- as.list(A$Set2)
Set3 <- as.list(A$Set3)
example <-list(Set1=Set1,Set2=Set2,Set3=Set3)

画图：

Veenplot <- Venn(example)
Veenplot<-Veenplot[, c("Set1", "Set2", "Set3")]
plot(Veenplot, doWeights = TRUE)

image.gif

这个有一个缺点是颜色不能自定义，但是可以通过导出pdf格式，在AI或者PS中进行修饰即可。

二、Upset绘制不一样的韦恩图

Upset绘制的图在本质上还是韦恩图，只是展示的方式不一样，也是结合元素之间的关系。对于多个集合的比较效果较好。

安装R包：

devtools::install_github("GuangchuangYu/UpSetR")  
library(UpSetR)

准备数据：

Set1 <- as.list(A$Set1)
Set2 <- as.list(A$Set2)
Set3 <- as.list(A$Set3)
Set4 <- as.list(A$Set4)
Set5 <- as.list(A$Set5)

example <-list(Set1=Set1,Set2=Set2,Set3=Set3,Set4=Set4,Set5=Set5) # 合并列表   
example <- fromList(example)#Upset 自带函数转化数据结构   
setsBarColors <-c('#EA4335', '#FBBC05', '#34A853', '#4285F4', '#68A180')# 设置集合颜色

一键画图：

upset(example,
      nsets=length(example),
      nintersects = 1000,
      sets = c('Set1','Set2',"Set3","Set4","Set5"),
      keep.order = TRUE,
      point.size = 3,
      line.size = 1,
      number.angles = 0,
      text.scale = c(1.5, 1.2, 1.2, 1, 1.5, 1), 
      order.by="freq",
      matrix.color="#4285F4",
      main.bar.color = 'black',
      sets.bar.color=setsBarColors)

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制作完成。

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