只做过小鼠的基因id转换，以前的教程写过，但是师弟的是羊的基因组，格式不规范。小鼠的不能用
试着直接读入
library('rtracklayer')
gtf_data = as.data.frame(import('Ovis_aries.Oar_v3.1.109.gtf'))#这里使用import导入gtf文件， 生成一个GRangs对象
gtf_data <- gtf_data[gtf_data$type=="gene",]
gtf_data <- gtf_data[,c(1:3,10,13,24)]
library('dplyr')
gtf_data <- distinct(gtf_data)#删除重复行
write.csv(gtf_data,"Ovis_aries.Oar_v3.1.109.csv")
是
整理发现大量的基因没有gene name!!!
两万多个基因，怎么到1000个有名字，不对劲啊
更新~~~~~~~~~~~~~~~
gtf注释里面就是没有提供很多基因名，找了很多人问，也没找到解释
后来使用在线网站转换把 没办法
准备工作 这里进行包的导入 基因ID类型的转换 bitr转换 参数： x：基因ID向量 fromType：目前基因...
首先将基因组gtf文件转换为bed： perl /media/shen/disk3/biosoft/gtf2bed...
用gffread进行转换 1.gff格式转gtf 2.gtf转gff
1、安装 2、数据处理 3、自己需要转换的数据导入并完成转换 备注：getBM()函数有4个参数：attribut...
从基因注释文件提取基因信息Zea_mays.B73_RefGen_v4.42.gtf gtf格式的注释文件 提取...
#BiocManager::install("clusterProfiler") #BiocManager::in...
gene symbol 与 entrezid 转换
关于TCGA基因ID转换的一些问题。 之前id转换是用的R包org.Hs.eg.db进行转换的，后面因为其收录的E...
GTF简介 GTF文件的全称是gene transfer format，主要是对染色体上的基因进行标注。怎么理解呢...
玩转gtf 查看gtf每一行的信息 发现第九行是基因ID 第九行后用';'分隔后的第一行是gene_idimage...
本文标题：从GTF进行基因id转换更新！！碰到问题了！
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/rysxudtx.html
网友评论