欢迎关注”生信修炼手册”!
对于转录因子而言,我们最想知道的信息就是其对应的靶基因。转录因子相关数据库非常的多,有些数据库直接提供了靶基因的信息,比如TRANSFAC, 有些数据库只提供了motif的信息,比如JASPAR, 我们只能通过软件预测在基因的启动子序列上是否有对应的motif, 从而识别转录因子的靶基因。
TRANSFAC收费,而JASPAR的靶基因预测又需要一定的生信技能,有没有哪个数据库既免费,又直接提供了靶基因数据呢?
这种数据库肯定是存在的,比如之前介绍过的TRRUST等数据库,但是本文的主角是另外一个数据库,Harmonizonme。
将各个Resource
来源数据库中的原始信息加以整理,得到更加直观,方便使用的数据集Datasets
,然后将所有的整理好的信息存储在同一个数据库中,就得到了Harmonizonme
数据库,网址如下
http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/
目前该数据库包含来自66个Resources数据库,114个数据集datasets, 共有57620个基因,295496个属性,71927784个相互作用关系。分类情况如下
可以看到有非常多种类型的信息,本文只介绍转录因子的靶基因数据集,在官网首页,根据关键词检索相关的数据集,示意如下
最终可以检索到以下6个转录因子靶基因数据集
以TRANSFAC Curated Transcription Factor Targets数据集为例,链接如下
http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/dataset/TRANSFAC+Curated+Transcription+Factor+Targets
该数据集是手工收集整理的转录因子靶基因数据集,示意如下
共包括201个转录因子的靶基因信息,点击每个转录因子,可以看到相关的靶基因,示意如下
除了在线浏览特定转录因子的靶基因外,还可以方便的下载该数据集,点击下图中红色方框标识的文件进行下载即可
该文件列数很多,前几列示意如下
source | source_desc | source_id | target | target_desc | target_id |
---|---|---|---|---|---|
SLC16A9 | na | 220963 | ALX1 | na | 8092 |
SLC26A3 | na | 1811 | ALX1 | na | 8092 |
ABHD17B | na | 51104 | ALX1 | na | 8092 |
这里的id
指的是基因对应的Entrez Id, source
值的是靶基因,`target
值的是转录因子,通过该数据库可以方便的得到转录因子和靶基因之间的调控关系。
·end·
—如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—
扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!
网友评论