一、差异性
1、管理范围：
前者涉及企业管理的方方面面，从战略管理到大运营管理，后者涉及企业管理的一个或几个方面。
2、关注焦点
前者更多关注企业内部有效性和效率（即使分析环境，也是为了利用外部环境中的有利因素，规避风险），后者关注既会关注内部有效性和效率，还会关注企业符合标准要求的程度及合规性。
3、内容：前者负责端到端全线流程的管理，会涉及愿景、使命、价值观、商业模式、技术、产品、人力资源、营销/销售、品质、供应链含生产、财务、IT管理等 ，且内容会随着企业所处的业务发展阶段、经营方向等，进行动态变化和调整；后者更多从职能管理的角度出发，会涉及质量、环境、安全、测量、信息安全等，后者管控的内容具有相对的稳定性。
4、人员能力要求：
前者要求具备跨部门、跨岗位、系统思考、统筹规划的能力，如运营管理、HR、IT等职能的涉猎，后者更多会关注所申请体系的具体内容。
5、从历史沿革角度来看：
前者始于20实际80年代的摩托罗拉的质量改进，以拉姆勒为首，总结出了流程改进的方法论（如拉姆勒—布拉奇流程管理方法论），以及迈克哈默詹姆斯钱皮，托马斯达文波特等人提倡的流程再造及其方法论，后来吸收整合二者的流程思想，由ABPMP（业务流程管理专业人士协会）发布的BPM CBOK ver3.0《流程管理 通用知识体系指南》，形成了完整的流程管理内容，（类似于美国项目管理协会的 项目管理知识体系指南）。该知识体系分为流程管理分为两个视角（企业级/公司级视角和流程的视角）。公司级视角包括公司级/企业级流程管理、流程型组织；流程视角包括流程建模、流程分析、流程设计、流程实施、流程绩效管理、流程变革和流程管理技术等。
ISO体系发布的标准均采用ISO/IEC 导则 第一部分ISO补充规定的附件SL中所给出的高层结构，相似的术语、体系结构、文件要求、基于风险的思维、过程方法等，更利于体系之间的整合。
6、两者关系角度，体系管理可视为流程管理的子集，因流程管理的整合性，可整合企业申请的所有认证。
二、相同点
1、均采取了过程方法这一方法论。即关注于过程的S（提供者）I（输入）P（过程的要素及其交互关系）、O（输出）、C（过程产出）。
2、都蕴含着基于风险的思维。流程管理会关注端到端流程运行过程的风险及产出的风险；体系也会关注体系运行和体系产出的风险。
3、都采用了系统管理的思维。两者考虑问题时，都会涉及岗位、职责/权限、过程及过程之间联系的要素，并有机将这些要素进行组合，以达到管控的要求或标准的要求。
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