stroke配准 pipeline

1. metabolic data --- bet

1) 首先为 img_NAA 去除背景，得到 NAA 和 NAA_mask;

2) 将 img_Lac 等代谢数据与 NAA_mask 相乘，为其余代谢数据去除背景；

2. T2_follow --- bet

将 T2_follow 剥离脑壳得到 T2_follow_brain

3. perfusion --- bet

1) 将 DWI_corr0000_brain 配准到 asl_raw_brain 上，求得变换矩阵为 DWI_to_asl_raw.mat

2) 借助 DWI_to_asl_raw.mat 将 DWI_corr0000_brain_mask 配准到 asl_raw_brain 上，得到 asl_raw_mask

3) 将 perfusion 与 asl_raw_mask 相乘，得到 perfusion_brain

4. T2_follow, perfusion -->  epsi

1) 将 DWI_corr0000_brain、T2_follow_brain、asl_raw_brain 分别配准到 epsi_brain 上面，得到变换矩阵 DWI_to_epsi.mat、T2_follow_to_epsi.mat、asl_to_epsi.mat

2) 利用变换矩阵 DWI_to_epsi.mat 将adc 和 core_mask 分别配准到 NAA 上，得到 adc_NAA 和 core_mask_NAA； 其中 core_mask 配准过程中需要经过插值。

3) 利用变换矩阵 T2_follow_to_epsi.mat 将 T2_follow_brain 和 flair_mask 分别配准到 NAA 上，得到 T2_follow_NAA 和 flair_mask_NAA；其中 flair_mask 配准过程中需要经过插值。

4) 利用变换矩阵 asl_to_epsi.mat 将 perfusion_brain 和 oligemia_mask30 分别配准到 NAA 上，得到 perfusion_NAA 和 oligemia_mask30_NAA；其中， perfusion_NAA 需要和 NAA_mask相乘得到新的 perfusion_NAA，oligemia_mask30 配准过程中需要经过插值。

5. core_mask --> struct

1) 将 DWI_corr0000_brain 配准到 struct_brain 上面，得到配准后数据 DWI_struct 和变换矩阵  dwi_to_struct.mat；利用变换矩阵 dwi_to_struct.mat 将 core_mask 配准到 struct_brain 上，得到 core_mask_struct，注意此步骤需要经过插值。

2) 将 struct_brain 配准到  MNI152_T1_2mm_brain 上，得到变换矩阵 my_affine_transf.mat。