在《物种起源》一书里达尔文提到，自己的理论中存在几个很难解释的疑点：
第一个疑点是，如果物种是经过细微的渐变演化而来，那么为什么见不到大量的过渡类型呢？为什么自然界的物种之间的区别是那样的明显，而不是彼此混淆不清的呢？假如说那些过渡类型已经灭绝了，那么就应该要有大量化石证据，但为什么没有呢？
根据达尔文的说法，物种的进化，是随机变异通过自然选择作用后累积下来的结果，这种变化是渐进的、连续的，这样一来，就必定会存在大量的中间过渡物种。比如，目前多数人认为鸟类是由恐龙进化而来的，由于进化是连续的，在漫长的演变过程中，必定会出现无数介于恐龙和鸟之间的物种，而且这样的生物应该很多很常见，然而事实上却根本没有。
第二个疑点是，像眼睛这样的复杂器官的生成，也能用自然选择来解释吗？
仅仅是这样一个简单的器官，从逻辑上来说都不可能通过自然选择作用生成，那么这一选择作用，又如何能够自然生成像眼睛这样要更复杂得多的器官呢？
第三个疑点是，像蜜蜂筑巢这样极其复杂的本能，怎么可能由自然选择作用而获得和改变？
人在一生中会学习很多的本领，这种本领是无法代代相传的，即便你的英语学得再好，你的孩子也不可能天生就懂英语。蜜蜂筑巢也是一种复杂的本领，这种本领为什么能代代相传，蜜蜂们不用学习天生就会呢？自然选择作用能对此作出解释吗？
进化论已经发表了150多年，然而达尔文最初的疑惑，却至今仍然不能得到解决。假如进化论是对的，那么会出现这样的事情，就显得很不可思议了。
其实除了上面几个问题之外，还有一件事情对于进化论的打击更大，那就是“寒武纪生命大爆发”。寒武纪生命大爆发通常被用来当作否定进化论的证据。
达尔文认为是持续不断发生的随机变异逐渐积累，最后形成了新物种，那么可以想象，物种是渐变式进化的，生命由低级到高级依次出现，这个过程发生的时间应该拉得很长。
然而情况并非如此。地球诞生于约46亿年前，但物种却不是在几十亿年的时间跨度内逐渐出现的。化石证据表明，几乎所有重大生物类群，都是在距今约5亿年前的寒武纪，在短短几百万年时间内一下子突然间冒出来的，这就是“寒武纪生命大爆发”。
这是一次生命的壮丽绽放，其规模之大绝对超乎想象，甚至那时候生物的种类，比现在还要多得多。我们现在能够看到的生物门类，在寒武纪几乎都能找到；而那时有的生物，有多达20个门现在已经消失了！
如此众多的生物种类在短暂的时间内集体亮相，这种现象怎么用进化论来解释呢？它更像是大自然一次狂放的实验，是造物主对于物种的集中投放，其中大部分都是不成功的试验品，不久后就灭绝了，只有少数存活下来，成为后来所有物种的祖先。
进化论错了吗？生命演化的过程究竟是怎样的呢？“寒武纪生命大爆发”是造物主在集中制造生命吗？所以，就像生命起源的叶子从树上飘落，物种起源理论只是其中的一片而已。
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