从HiC矩阵推断染色体3D结构

HiC数据的另外一个用途就是可以推断染色体的3D结构。前，利用HiC数据推断染色体三维结构的软件有不少，如PASTIS、LorDG、ChromeSDE、Shrec3D、MOGEN等。这些软件从实现方法角度可以分成Distance-Based、Contact-Based、Probability-Based三大类。

PASTIS：基于泊松的 DNA 结构稳定推断算法
其中PASTIS软件包含Distance-Based和Probability-Based两种算法，分别对应其中的四个函数pastis-mds、pastis-nmd和pastis-pm1、pastis-pm2。

pip install pastis

hiclib/pastis: Poisson-based algorithm for stable inference of DNA Structure (github.com)
PASTIS: Poisson-based algorithm for stable inference of DNA Structure — Pastis 0.5.0-git documentation (hiclib.github.io)

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