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学习小组Day3笔记--pengfang

学习小组Day3笔记--pengfang

作者: 八段锦1134 | 来源:发表于2020-10-18 23:41 被阅读0次

生信学习的app store:anaconda>miniconda>conda

命令 作用
conda 看conda提供的一些基本信息
conda list 安装了哪些软件
conda config --get channels 查看channels
conda config --remove channels 移除某个channels
conda config --add channels 增加某个channels
conda install softwarename(=version) (-y) 用conda安装某软件,y表示安装过程中有回答yesno问题时都回答yes
conda update softwarename 用conda更新某软件
conda remove softwarename 用conda卸载某软件
uname -a 查看服务器是多少位

清华源:

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/               

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/                      

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/                          

中科大源:

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes

难点----conda环境设置(不太懂,还要继续琢磨

Python 项目一定要隔离环境!

command function
conda info --e 查看当前有哪些环境
conda env list 查看当前有哪些环境
conda create -n your_env_name python=x 创建python版本为x,名字为your_env_name的虚拟环境。
conda activate 环境名 激活某个环境
conda deactivate 退出环境

知识点:安装conda之后,系统前面出现“(base)”

这个base有和没有都是一样,新版本的anaconda才会出现这个base,老版本的不会。这个东西就是起到一个提示作用,因为base环境是默认的,不指定环境其实就是base环境,不过没有经过严格检测,但是理论上是没有问题的。

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