参考学习网址:https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/78506951
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下载序列
NCBI下载序列方法
下载的是基因或者蛋白质的全序列
合并多个fasta文件 -
多序列比对
!Clustalw 比对后结果需要编辑第一列第一列,可以留下物种名,登录号(因为要比对序列同源性,最好把显示 - 的序列去掉,使多序列的两端整齐,类似矩阵)
OR 对齐完之后,选择两端不齐的部分,右键delete即可。
导出fasta格式和MEGA格式两种格式
打开Clustalx 加载刚刚比对完的fasta格式(注意是比对完的,文件后缀名为.fas)
导出可视化文件,参数默认点OK
!得到可视化的多序列比对结果,打开类似这样(打开用到的软件为Adobe Acrobat)
- 进化树分析
打开MEGA,载入meg文件
参数设置(这里是核酸序列)
得到进化树
导出与美化
https://www.sohu.com/a/164261454_652735
MEGA7软件
第一步open,retrive file,species.fasta文件; 比对后选择保存,处保存为mega format,文件名为species.meg
第二部 data,open,打开species.meg,建树后保存,file,export成Newick格式,文件名为 species.nwk
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