美文网首页
2019-03-01 序列下载及合并,多序列比对,进化树

2019-03-01 序列下载及合并,多序列比对,进化树

作者: 七比比 | 来源:发表于2019-03-01 11:56 被阅读0次

    参考学习网址:https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/78506951

    1. 下载序列
      NCBI下载序列方法
      下载的是基因或者蛋白质的全序列
      合并多个fasta文件

    2. 多序列比对
      !Clustalw 比对后结果需要编辑第一列第一列,可以留下物种名,登录号(因为要比对序列同源性,最好把显示 - 的序列去掉,使多序列的两端整齐,类似矩阵)

    OR 对齐完之后,选择两端不齐的部分,右键delete即可。

    导出fasta格式和MEGA格式两种格式
    打开Clustalx 加载刚刚比对完的fasta格式(注意是比对完的,文件后缀名为.fas)
    导出可视化文件,参数默认点OK
    !得到可视化的多序列比对结果,打开类似这样(打开用到的软件为Adobe Acrobat)

    1. 进化树分析
      打开MEGA,载入meg文件
      参数设置(这里是核酸序列)
      得到进化树
      导出与美化

    https://www.sohu.com/a/164261454_652735
    MEGA7软件
    第一步open,retrive file,species.fasta文件; 比对后选择保存,处保存为mega format,文件名为species.meg
    第二部 data,open,打开species.meg,建树后保存,file,export成Newick格式,文件名为 species.nwk

    相关文章

      网友评论

          本文标题:2019-03-01 序列下载及合并,多序列比对,进化树

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/shyruqtx.html