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我的第一篇文献阅读笔记-RNA-Seq Transcriptom

我的第一篇文献阅读笔记-RNA-Seq Transcriptom

作者: justgo_b2cd | 来源:发表于2020-09-04 13:18 被阅读0次

发布期刊:plos one ,影响因子:2.815

第一作者及其单位:Blanca E. Himes,Channing Division of Network Medicine, Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School, Boston, Massachusetts, United States of America

通讯作者:QUAN LU,qlu@hsph.harvard.edu (QL)

研究背景:

哮喘(ASM)是一种 慢性炎症呼吸道疾病,目前,全球大约有3亿人在承受着该疾病的折磨。Glucocorticoids 即糖皮质激素(下文简称GCs),目前被广泛用来治疗各种炎症性疾病,其中包括哮喘。可吸入型的GCs可直接作用于肺部细胞,GCs主要用于缓解哮喘疾病的症状,并防止哮喘加重。GCs是通过与其受体结果,形成GRs复合物的方式,调节相关基因的表达,激活机体的消炎反应;另一方面抑制炎症因子的表达,达到消炎的目的。但是,至今为止,人们对GCs缓解哮喘的左右机制还没搞清楚。

研究方法:

1. RNA测序和qRT-PCR:4个白人男性ASM细胞,经过地塞米松(DEX)处理,进行RNA转录组测序,检测差异表达基因;挑选5个已知的和ASM相关的差异表达基因进行qRT-PCR,看结果是否和RNA转录组测序得到的结果一致。

2. 通过q-PCR的方式验证GCs应答基因:挑选三个人的细胞系,使用1 mM DEX处理18个小时候,挑选4个差异表达显著的基因和另外一个基因进行qRT-PCR定量,验证一致性。

3. 结合GWAS关联分析结果,确定关联基因

4. 下载公共数据库数据,展开分析,验证结果

5. 通过qRT-PCR和免疫印迹的方法,分析测定GCs介导的转录组水平和蛋白质水平表达量的变化。

6. 炎症因子处理细胞,观察CRISPLD2表达量的变化

研究结果

1. 使用地塞米松(DEX)处理的细胞,已知与哮喘疾病相关的基因差异表达明显

DEX处理后的细胞差异表达明显的基因

2. CRISPLD2在DEX处理过的细胞中表达量显著高于对照组细胞,且炎症因子介导的细胞中,该基因的的表达量也高


研究结论

CRISPLD2基因是糖皮质激素的应答基因,GCs可以作用于该基因,减轻哮喘的症状,调动机体的免疫应答反应,消灭体内的炎症。

个人想法:第一次写文献阅读笔记,由于经验的问题,暂时提不出好的看法,无法发表评论。如果有错误的地方,还请大家指出。

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