本次教程采用文献RNA-Seq Transcriptome Profiling Identifies CRISPLD2 as a Glucocorticoid Responsive Gene that Modulates Cytokine Function in Airway Smooth Muscle Cells，使用数据为GSE52778。

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1.数据下载

1.百度搜素geo数据库，进入界面，输入GSE52778，出现以下界面，可以看到有六个样本，点击下方的SRP250675，在出现的界面里选择圈出的选项，会自动下载一个excel文件，里面有这六个样本的下载链接。百度搜索那些链接，自行下载，下载后可以传到服务器

屏幕截图 2021-12-10 162805.png
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SRA Run Selector中搜索SRP033351.下载完后将SRR_Acc_List.txt上传到服务器，看到有16个样本数据，然后批量下载数据。看着数据挺大，挂后台应该得下一晚上。
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cd scripts
#第一种，使用循环下载
cat > sra.sh
cat ../sra.data/SRR_Acc_List.txt | while read id;
do 
prefetch $id 
done
#第二种
cat SRR_Acc_List.txt | xargs prefetch -v
nohup sh ../scripts/sra.sh > ../logs/sra.log 2>&1 &
#第三种：也可以单个数据下载
nohup prefetch SRR1039509 > ../logs/SRR1039509.log 2>&1 &
nohup prefetch SRR1039511 > ../logs/SRR1039511.log 2>&1 &
nohup prefetch SRR1039515 > ../logs/SRR1039515.log 2>&1 &
nohup prefetch SRR1039516 > ../logs/SRR1039516.log 2>&1 &
nohup prefetch SRR1039517 > ../logs/SRR1039517.log 2>&1 &
nohup prefetch SRR1039518 > ../logs/SRR1039518.log 2>&1 &
nohup prefetch SRR1039519 > ../logs/SRR1039519.log 2>&1 &
nohup prefetch SRR1039520 > ../logs/SRR1039520.log 2>&1 &
nohup prefetch SRR1039521 > ../logs/SRR1039521.log 2>&1 &
nohup prefetch SRR1039522 > ../logs/SRR1039522.log 2>&1 &
nohup prefetch SRR1039523 > ../logs/SRR1039523.log 2>&1 &
#使用wget命令下载，速度很慢，下了一晚上，没有下完，不推荐。
cat > wget.sh
cat ../sra.data/SRR_Acc_List.txt | while read id;
do 
wget https://sra-downloadb.st-va.ncbi.nlm.nih.gov/sos2/sra-pub-run-6/$id/$id.1
done
nohup sh ../scripts/wget.sh > ../logs/wget.log 2>&1 &

挂了一晚上，下载好了。剩下的就是将SRA格式转为fsatq格式，用于后续分析。

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