10x Visium空间转录组技术简介

“空间转录组技术”被Nature Methods评为2020年度技术，可以看到这个技术具有较大的发展空间，我们都知道细胞微环境一直以来都是各个研究领域的重点，例如探索肿瘤微环境对肿瘤发生，进程都有重要的影响，因此空间转录组技术正在改变我们了解复杂组织的方式。

Bulk RNA测序就如同制作一杯冰沙，最终得到的是组织细胞中平均mRNA基因表达情况，而单细胞转录组测序，就像是一盘水果沙拉，可以清楚看到每一个细胞的基因表达情况。空间转录组技术，就像一个水果馅饼，可以看到每一个水果在空间上的位置信息。

目前可接收的样本类型如下,但不限于此表：

10x Visium空间转录组技术应用

空间转录组技术助力了很多高分文章，其中不乏CNS，利用空间转录组技术解决了不少癌症、肿瘤学免疫和发育生物学等领域的前沿问题。结合高分文献来看空间转录组技术的应用，文献讲解部分可以在视频中观看学习。

10x Visium 空间转录组样本准备

1 、样本冷冻包埋

根据项目经验总结的样本准备方案，主要包括两种方案：

方案A：组织先冷冻后包埋

1. 盛有异戊烷的容器浸没在液氮里预冷15 mim；

2. 将新鲜组织擦拭干净，完全浸没于异戊烷中，速冻组织；

3. 然后将速冻的组织块放入包埋盒，在干冰上补充OCT 包埋，直到OCT凝固变白。

方案B：组织冷冻和包埋同时进行

1. 将新鲜组织擦拭干净，置于培养皿中，加入室温OCT充分润湿；

2. 将组织放入包埋盒，组织表面在OCT中完全浸没；

3. 然后将包埋盒转移到液氮-异戊烷中（未完全浸没）速冻，或者放在干冰上速冻，直到OCT凝固变白。

2 、样本邮寄

OCT 包埋好的组织块连同包埋盒放入密封袋里（ZIP 密封袋），label好样本明细，放入干冰包裹邮寄至实验室。

3 、 样本切片方向

包埋盒提前标记好方向 

指定方向1为包埋块上方，

有三种切片方向：

a) 水平面：从方向3到1切片（或反方向1到3）

b) 矢状面：从方向4到2切片（或反方向2到4）

c) 冠状面：从方向5到6切片（或反方向6到5）

包埋盒内的组织块示意图

10x Visium空间转录组项目案例

最后选取了空间转录组的项目案例来进行分享，结果展示如下