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fastqc跟别的套路不一样

fastqc跟别的套路不一样

作者: dandanwu90 | 来源:发表于2019-01-14 22:01 被阅读0次

背景:本来是个小小的事,但求知欲(其实是下步要用了)让我解决它。
按照RNA-seq分析流程,

质控阶段

下载了数据列表
批量下载了数据
批量转化sra为fastq.gz
接着我要批量转化,坏了,我没装fastqc呀,来来来,有大神的1000个软件安装怕什么,于是开始了愉快的安装

mkdir fastqc && cd fastqc

wget -c https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip

unzip fastqc_v0.11.8.zip

天真的我以为这样就完了,试试安装成功了没有呀!信心满满地呀有木有?


fastqc安装失败!!!

嘤嘤嘤……脸好疼,我不能放弃呀,

less README.md
less README.txt
cd Help

我不知道哪里有错呀?
后来在小伙伴的提示下,发现自己是个大傻子,提示信息不是告诉我了吗?
To run 'fastqc' please ask your administrator to install the package 'fastqc'

fastqc不能调用的呀
fastqc的权限

没权限呀!!!(那个fastqc是白色的,我的可执行文件都是绿色的)
于是赶紧修改权限(别乱用,所谓权利越大,风险越大)

chmod +x fastqc
#或是
chmod 755 fastqc
fastqc有权限了

哈!终于是个绿色了

 ./fastqc --help #愉快查看中

当然是会把它加入环境变量的呀。
开心的像个傻子!!!

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