首先在linux系统下，需要安装好R语言，由于依赖环境较多，一般会通过第三方软件库进行安装，比如说miniconda等
R包分以下几种：
镜像包：一般安装方式为：install.packages('')，选择合适的镜像进行安装
bioconductor包：一般安装方式为
github包，一般安装方式为：
1、确定我们需要安装R包属于哪种？
可以先默认用镜像安装的方式，如果出现报错，如下：

image.png

说明limma包不是镜像包，这时候，可以进入bioconductor官网
https://bioconductor.org/,输入合适的R包的名称。

image.png

复制代码，进行安装

image.png

如果该包以上两种都不是，这就需要进入github官网，查找该包
如：安装RHadoop包
输入官网链接：https://github.com/
输入R包

image.png

找到该包

image.png

如果安装过githubinstall，则该步可以省去

install.packages('githubinstall') #加载github
library(githubinstall)
githubinstall('RHadoop')

详细的链接可以查看https://blog.csdn.net/tandelin/article/details/87601729
这里不过多解释
2、在线安装失败怎么办？
这时候就需要我们进行手动安装，可以进入官网下载安装包，手动安装
镜像包，XML
https://cran.r-project.org/web/packages/XML/，可以更加根据系统选择

image.png

bioconductor包，limma
https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html

image.png

下载好之后，上传到服务器上

 install.packages("路径/压缩包的名字", repos = NULL, type = "source")

3、如果以上安装都出现了问题，总是各种报错，提示确实依赖库，可以使用conda安装，如安装randomcoloR一直安装不上，可以使用下面的命令进行安装，-c后面跟的是conda的源，也可以换成清华的源都是可以的。
conda install -c conda-forge r-randomcoloR
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