获取sra文件的信息
#获取accession，time，paired信息
esearch -db sra -query PRJNA378980 | efetch -format runinfo > runinfo.csv
cat runinfo.csv | cut -d, -f1,2,16 | head
下载gb格式和fa格式，并使用seqret进行转化，blastn比对
#下载gb格式
esearch -db nuccore -query NC_001501 | efetch -format=gb > NC.gb
#下载fa格式
esearch -db nuccore -query NC_001501 | efetch -format=fa > NC.fa
#转换，只需要输入文件和输出文件名，需要后缀
seqret NC.gb NC2.fa
#比对
blastn -subject NC2.fa -query NC.fa > blastn_res
#查看结果
root:~#more blastn_res
Score = 15387 bits (8332), Expect = 0.0
Identities = 8332/8332 (100%), Gaps = 0/8332 (0%)
Strand=Plus/Plus
建议
如果提供多种文件形式，则尽量下载需要那种，避免转换
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