单细胞图表之细胞比例条形图和自定义UMAP图

1.数据

sce.all 是seurat 标准流程+singleR注释好的对象。

2.条形图

展示每个病人的各种细胞的比例，堆叠式的直方图

rm(list = ls())
load("sce.all.Rdata")
library(Seurat)
library(ggplot2)
sce.all$seurat_annotation = sce.all@active.ident
ggplot(sce.all@meta.data,aes(patient,fill = seurat_annotation))+
  geom_bar(position = "fill", alpha = 0.9)+
  scale_fill_brewer(palette = "Set1")+
  theme_classic()

3.自定义版本的UMAP图

提取出对象中每个点的umap坐标，作为横纵坐标画图揍可以啦。

dat = as.data.frame(sce.all@reductions$umap@cell.embeddings)
dat$seurat_annotation = sce.all@active.ident
ggplot(dat,aes(UMAP_1,UMAP_2))+
  geom_point(aes(color = seurat_annotation),size = 0.5)+
  scale_color_brewer(palette = "Set1")+
  theme_classic()