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关于教学 | 回复“为什么双端数据可以精准去除接头?”问题后的思

关于教学 | 回复“为什么双端数据可以精准去除接头?”问题后的思

作者: 生信石头 | 来源:发表于2023-09-02 10:42 被阅读0次

    前些日子,我们组织了又组织了一场暑期生信入门研讨会(应该是第四年,但其实是第五次举办,今年在广西南宁讲了一场)。广州场相对于广西场多了一个部分,是RNAseq。我觉得我今年 RNAseq 部分讲得还可以,尺度把握得也合适。当然,在有限的时间内,我们必须接受,不同知识点需要不同的处理认知:

    1. 知道
    2. 理解
    3. 掌握
    4. 熟练

    生物信息一块,很多软法或者软件原理,逻辑上在前两个层次可能就足够,如果我们只是关注生物信息学的应用。不过有一些东西还是不错。传递信息的时候,我们需要考虑,接受信息的人的可接受范围和可接受形式。搞错了对象的状态,更好的讲述往往更加无趣和无用。
    我想起来一处讲述,其实可能有编程经验的理解起来很简单,但是如果没有,那么我们需要用更为直观地方式去呈现,去讲述。
    大体如下图:
    如果我们只是说,单端数据无法很好去除短的序列残余,而双端可以通过联配来识别并去除哪怕1bp的接头序列残余,比如 D 模式。我想很多人对于有编程经验的,应该可以很快找到 Adapter 字样,结合常规字符串匹配和截取的代码经验,知道这个是在说啥。



    但是,对于绝大多数人,可能往往无法直接理解。这个时候,如果我们按照下图的方式来讲述



    详细到细枝末节,我想可能所有人都能立马理解。

    写在最后

    信息的传递,往往是两个人的问题。也因此,大班上课,效果很难保证。因为参与人员的整体状态波动不同。常常我们还会发现,明明是同一个课堂,一个班上会有一半人觉得很好,另一半人感触不深。今年,我停掉了开设的研究生课程「园艺植物生物信息学实践」。在过去三年的课程教学上(当然也结合过去5年多的暑期生信讲演工作),尤其是2022年和2023年,我用了两个完全不同的教学内容和教学模式,直接验证了我的猜想。
    首先,我开设的这门课程,一般会有两拨人:

    1. 选课的,大概是>40,可能也有50~60人,我没记具体数字,基本是整个学院学术性硕士和博士新生,当然也有其他学院,不过这个是少数;
    2. 自发来听课的,大概也有~40人,超过这个数字问题不大,这个我有信心。

    其中,「选课的」这拨人,应该有一部分是自己确实想选,当然,更多的其实啥也不知道,纯粹是导师或者师兄师姐觉得有用,所以他们就来了。至于「自发来听课的」这拨人,则大多是基于对我个人分享内容的认可。
    自然,2021年时,我没搞明白情况,以为所有人跟我一样,更喜欢学一些没有系统书籍记录的,捋清软件或者算法原理细节的,搞清数据分析逻辑的。我满腹激情地鼓捣了一年,发现效果可以,但是我没注意到,2021年时,其实听课的远大于选课的。
    2022年,来课室的人似乎更多了。参考2021年的模式,我继续讲原理,尽管我觉得我讲得更好了,更清楚和透彻,但总有感觉是一半人听得很开心很认真,频频点头,另一半人则可能云里雾里,或者确实跟不上节奏。通过观察和沟通,我大体确定了前一半人几乎全是自发来听课的,后一半人则大多数是「选课的」。这个非常尴尬。简单来说,课程开设的目的是为了给选课的人提升技能或者认知,但却似乎达成另外目的。当然,具体我没看评教如何。研究生教学一般关注的人可能也不多,不过我很有信心,对于我的讲课。即使是不喜欢听内容,也会喜欢听我讲话。
    2023年,为了让自己做正确的事情,也为了选课的学生着想,我完全换了一个风格,几乎只讲实践操作,不谈过多原理和细节。当然,效果比较明显。选课的人确实能提升了技能,也开始有不少人联系我这个如何操作,那个如何应用。同时,我也可以发现,少了不少来听课的人了。至于原因,我想简单:因为操作有很多地方可以找到教程,但是逻辑原理细节,则不尽然。无论如何,这门课程在上半年还是结束了。
    经过一个暑期的考量,结合个人的时间精力安排,同时考虑到其实也有同系列课程开设(覆盖了实践操作),我觉得并无必要继续开设这门课程,毕竟我其实并不喜欢讲软件的操作和使用,毕竟 manual 已经很丰富。于是停开课程。
    或许,有一天,听课的人变成选课的人,那么我觉得可以继续开设。但似乎也并无比较。相比于这些种种,我还有更值得关注,更应该去做,或者更想做的事情。

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