bedtools: intersect

Bedtools 的这个小工具用来比较两个Bed/gtf/gff文件中有互相重叠的片段
其实质是根据染色体号和片段起始和终止位置进行重合区域的计算

基本格式

bedtools intersect [options] -a a.bed -b b.bed  

options

-wa: 输出比对结果中a中被比对上（重叠）位置
-wb: 输出比对结果中b中被比对上位置
-wao: 同时输出a和ab比对的结果
-f :限定a的最低匹配比例，用浮点数表示，默认为10E-9(1base)
-F:限定b的最低匹配比例，用浮点数表示，默认为10E-9(1base)
-r:限定a和b的最低匹配比例，用浮点数表示，默认为10E-9(1base)
-v：输出没有被比对上的位置
-c：报告两个文件中overlap的feature的数量

作用

找出两个gtf中的不同，从而对gtf进行修改和完善