《霸王别姬》是一部悲剧，但是往往悲剧更能带来对历史和自我的深刻反思。
该影片主要讲述了从幼年时期两个在梨园一起长大关系密切的师兄弟小石子和小豆子，在师傅的安排下开始扮演一生一旦。互相之间配合地天衣无缝，长大后也是红极一时，二人之间最拿手的好戏《霸王别姬》更是誉满京城。
因此班主也给二人重新取了名字段小楼和程蝶衣。二人原本相约合作演一辈子的戏，但是二人对戏和人生的理解有着本质上的不同，段小楼认为戏非人生，人生与戏之间分得很清楚。而程蝶衣则人戏不分，对戏有着忘我的情怀。最后沿着历史的推进，同时上演着人生和时代的悲剧。
程蝶衣：不疯魔不成活
一个有着六指的异种，当个凡俗人的福分也没有。那么艰辛，六道轮回，呱呱坠地，只有受上一刀之剁，剁开拇指之上的骨血，才能留在戏班开通另一条人生路。年少时逃出去看角儿演的第一场霸王别姬从此使他立下了人生理想。一次烟枪在嘴里搅拌的惩罚，使他终于记住了总是记错的戏词“我本是女娇娥，又不是男儿郎”，就像这句戏词一样他往后的人生似乎也模糊了自己的性别，从此以后开始了他“不疯魔不成活”戏剧人生。
随着时代风云的变迁他给晚清太监唱戏，给北平反动头子唱戏，国民党伤兵唱戏，给日本侵略者唱戏，也给革命胜利的无产阶级唱戏。他对京剧始终有着自己切身的理解，只要有人愿意听，愿意尊重和欣赏它，他就愿意唱。可悲的是京剧在日本侵略时都没遭到毁坏，文革时期却在中国人自己手里遭到了破坏。在历史的注视下，面对时代风云变迁，趋炎附势的大有人在，最终连“霸王”都向时代投降下跪了，但是他最终还是在多年后和段小楼同台的契机下，以“虞姬”的身份自刎结束了自己的一生。
段小楼：被时代抹杀情义的现实主义者
当小豆子刚来戏班时，其它孩子都捉弄他，唯有他保护他，疼惜他。因此从小到大他和程蝶衣的关系也非常亲密。但是他不像程蝶衣一样人戏不分，对于人生和戏他分的很清楚。所以当遇到自己喜欢的女人菊仙后，选择和菊仙结了婚。步入婚姻生活后也很少再和程蝶衣合作演戏。抗日战争胜利后，当程蝶衣因给日本人唱过戏被当做汉奸抓起来时，为了求袁四爷救程蝶衣，他向袁四爷低头承认自己是错的，袁四爷是对的（在戏台上霸王应当是走七步而不是五步）。
但同样为了委屈求全，不得罪当局，他不敢像程蝶衣一样说出自己对现代戏和京剧的真实想法。以及在文革时期，害怕被成为被批斗的对象，虽是被迫但还是无情说出我揭发，我揭发……把矛头指向了程蝶衣狠狠地伤透了他的心，并且当菊仙的身份被揭露，为求自保，违心地说出了自己不爱菊仙，最后使对他失望透顶的菊仙上吊自杀。有情有义是他的本性，现实主义者也是他的本性，但在残暴且缺乏理性的时代，他的有情有意最终还是被抹杀了。这或许也是时代的悲剧吧。
菊仙：婊子并非无情，真性情之女子
菊仙是一个活在现实世界里的真性情女子，她能理解程蝶衣脱离戏外的生活，也能在残暴缺乏理性的时代坚持自己现实生活里的真性情。虽是妓女但有自己的原则和个性。初识菊仙场景，被众男围困逼其嘴对嘴喂酒，扬言要跳下楼，被段小楼救下，当段小楼在众目睽睽之下与菊仙喝酒定亲替其解围后。菊仙用自己所有的钱替自己赎了身跑去戏院找段小楼。与段小楼结婚后，更是对段有情有义。程蝶衣一直认为菊仙是插在他和段小楼之间的第三者，再加上之前菊仙的妓女身份，一直对她存有偏见。
其实最能理解程蝶衣的就是菊仙，在程蝶衣戒鸦片最痛苦期间，菊仙对其表现出了母性般的爱怜和照顾。文革被批斗时段小楼被逼之下不断揭发程蝶衣，菊仙试图让其闭嘴。甚至在程蝶衣被段小楼无情揭发的悲愤之情下，揭发了菊仙的妓女身份后，菊仙还拼命为程蝶衣保住了他送给段小楼的剑。在把剑交给程蝶衣后，带着对段小楼说出那句“不爱”自己的话的绝望之情下，回到家穿着婚嫁时的那一身红衣，用一方白绫便上吊自杀了。
影片主要还是围绕程蝶衣这个核心人物展开剧情，以历史的时间线为背景，风云时代不断变迁，唯一不变的是程蝶衣对戏剧的情怀，他用一生在扮演着一个角色。就像段小楼说的他已经“不疯魔不成活”了，因此他最后终也成了“虞姬”，成了月色和雪色之外的第三种绝色。
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