dotPlotly 是两个R 脚本的项目，可以用来画PAF format （minimap2 比对软件的默认输出格式）mummer (nucmer -> show-coords) output 的图形，用来比较两个不同组装的效果

由于没有自己的R ，集群R 没有包，也没有非 root 下安装所需的集群环境
这里示范记录下过程
[1]R 程序conda 安装

export  PYTHONPATH=""
#提前清空python 环境，防止conda 与自己修改的环境冲突

conda create -n Rscript   r-base 
#创建单独的环境，目录出现在miniconda2/envs 下

conda activate Rscript
#激活环境，关闭使用conda deactivate

[2] R 包 安装
在进入 Rscript 的环境后，命令中直接输入 R 回车，进入R 环境，依次输入命令进行安装

#指定安装包的来源
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))
install.packages(c("optparse", "ggplot2", "plotly"))

#提示内容#Please update dplyr with `install.packages("dplyr")`.
install.packages("dplyr") 继续执行

#退出R终端
q()
Save workspace image? [y/n/c]: n

R包 默认装在了~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4

[3]安装dotPlotly 其实单独下载脚本也行，这里有例子，就用git clone 了

git clone https://github.com/tpoodotPlotlyrten/dotPlotly.git
cd dotPlotly
chmod 755 pafCoordsDotPlotly.R mummerCoordsDotPlotly.R
#添加执行权限

[4]minimap2 比对

minimap2 -x asm5 Brassica_rapa.faa Brassica_napus_rape.faa > Brapa_Bnapus.minimap2.paf

[5]使用pafCoordsDotPlotly.R 脚本绘图

cd dotPlotly/example
#进入例子里，用例子绘图

../pafCoordsDotPlotly.R -i Brapa_Bnapus.minimap2.paf -o Brapa_Bnapus.minimap2.plot -m 2000 -q 500000 -k 10 -s -t -l -p 12

参考：
[R]R指定国内镜像安装R包（R packages）
https://github.com/tpoorten/dotPlotly