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学习小组Day3笔记--王振华

学习小组Day3笔记--王振华

作者: 振华_9c1a | 来源:发表于2022-04-24 20:39 被阅读0次

    Linux软件安装

    什么是conda?

    conda是所有语言的包、依赖和环境管理器。

    如何安装linux的miniconda

    1. 确认服务器位数 ,切换工作目录 cd biosoft
    2. 下载文件的工具,软件;下载链接, 寻找安装的软件文件名一定要对,显示(x86_64)或者32-bit(x86),.sh为脚本符号,使用清华的镜像网站。
    3. 下载文件命令wget -c+下载链接下载链接 -c参数continue预防网络断联
    4. 安装命令bash , bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    5. 同意一切
    6. 安装成功后重新加载配置文件,source ~/.bashrc (安装软件时重新修改了bashrc);也可以退出后重新登录。
    7. enter conda 显示满屏即为成功安装
    8. 添加镜像(频道),如果重复添加镜像会优先提前moving to the top.

    conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
    conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
    conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    conda config --set show_channel_urls yes```

    安装软件

    1. 查看服务器上软件安装列表conda list
    2. 安装软件conda install fastqc -y
    3. 确认软件是否成功,fastqc --help,成功后会显示文档
    4. 卸载软件conda remove fastqc -y

    conda环境

    为什么要创建独立环境

    • conda 会改变你原来设置好的环境
    • 不同软件的依赖会相互冲突。比如A软件依赖python2.3,B软件依赖python3.3
    • 方便项目管理,基因组,转录组等
      • 创建一个rnseq的小环境:conda create - n rnaseq ,-n指定环境名称
      • 启动环境:conda activate rnaseq
      • 退出环境:conda deactivate
      • 列出已存在的环境:conda env list
        • 号表示处在哪个环境
      • 删除环境:conda remove -n -rnaseq --all

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