Linux软件安装
什么是conda?
conda是所有语言的包、依赖和环境管理器。
如何安装linux的miniconda
- 确认服务器位数 ,切换工作目录
cd biosoft
- 下载文件的工具,软件;下载链接, 寻找安装的软件文件名一定要对,显示(x86_64)或者32-bit(x86),.sh为脚本符号,使用清华的镜像网站。
- 下载文件命令
wget -c
+下载链接下载链接 -c参数continue预防网络断联 - 安装命令
bash
,bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 同意一切
- 安装成功后重新加载配置文件,
source ~/.bashrc
(安装软件时重新修改了bashrc);也可以退出后重新登录。 - enter
conda
显示满屏即为成功安装 - 添加镜像(频道),如果重复添加镜像会优先提前moving to the top.
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes```
安装软件
- 查看服务器上软件安装列表
conda list
- 安装软件
conda install fastqc -y
- 确认软件是否成功,
fastqc --help
,成功后会显示文档 - 卸载软件
conda remove fastqc -y
conda环境
为什么要创建独立环境
- conda 会改变你原来设置好的环境
- 不同软件的依赖会相互冲突。比如A软件依赖python2.3,B软件依赖python3.3
- 方便项目管理,基因组,转录组等
- 创建一个rnseq的小环境:
conda create - n rnaseq
,-n指定环境名称 - 启动环境:
conda activate rnaseq
- 退出环境:
conda deactivate
- 列出已存在的环境:
conda env list
- 号表示处在哪个环境
- 删除环境:
conda remove -n -rnaseq --all
- 创建一个rnseq的小环境:
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