【宏蛋白质组】搜库工具简介与评估

宏蛋白质组数据分析相对较难，不同于常规蛋白质组分析，因为数据库太大，无法直接进行搜库匹配，需要对数据库进行优化。整理了几个发表的宏蛋白搜库分析工具。具体效果如何，还需要测试。

1.ProteoStorm

发表：ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics Database Search Framework
Github：https://github.com/miinslin/ProteoStorm

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2. MetaPro-IQ

主要针对肠道样本搜库的分析策略，采用3步迭代法。没有打包成工具。
发表：MetaPro-IQ: a universal metaproteomic approach to studying human and mouse gut microbiota

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3.diatools

针对DIA肠道菌群数据。
发表：Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry in Metaproteomics of Gut Microbiota—Implementation and Computational Analysis
Github：https://github.com/elolab/diatools

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4. Unipept

主要针对下游分析，如物种注释和功能分析。特点，直接从肽段水平去做物种和功能注释。
发表：Unipept 4.0: Functional Analysis of Metaproteome Data
工具：https://unipept.ugent.be/

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5.MetaProteomeAnalyzer

采用的是两步搜库法。
发表：The MetaProteomeAnalyzer: A Powerful Open-Source Software Suite for Metaproteomics Data Analysis and Interpretation
MPA Portable: A Stand-Alone Software Package for Analyzing Metaproteome Samples on the Go
Github：https://github.com/compomics/meta-proteome-analyzer

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6. ComPIL

2016年发表的工具，有点旧了，发的杂志也不高。bitbucket上近年来没维护，应该是没什么人用吧。
发表：A comprehensive and scalable database search system for metaproteomics
工具：https://bitbucket.org/sulab/metaproteomics/src/master/

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7. 其他

2015年的，更旧。
发表：https://www.researchgate.net/publication/273701914_Navigating_through_metaproteomics_data_A_logbook_of_database_searching

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更多

一些宏蛋白研究方法的综述也有提及。

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Ref：Zhang, X. & Figeys, D. Perspective and guidelines for metaproteomics in microbiome studies.