基于上一步我们获得了初步的gff及rna和蛋白文件，maker生成的文件id是默认的，我们可以用maker自带的脚本进行更改。
$maker_map_ids --prefix GENEK --justify 8 dpp_contig.all.gff >id.mappping
## --justify 指定名字的位数 ##id.mappping：生成对应关系
对应的fasta名称也可以用maker的脚本进行更改
$map_fasta_ids id.mappping dpp_contig.all.maker.transcripts.fasta
$map_fasta_ids id.mappping dpp_contig.all.maker.protein.fasta
transcripts
protein
对应的gff的id也可以用maker的脚本进行更改
$map_gff_ids id.mappping dpp_contig
gff
基于上一步我们获得了初步的gff及rna和蛋白文件，maker生成的文件id是默认的，我们可以用maker自带的脚...
自己的代码记录illunima 芯片数据注释(ID转换）：
在线版本 线上数据库做注释和ID转换ensembl ID转成gene symbol name ensembl的bi...
坐标转换 获取坐标系 maker 结果如下：
在基因组注释上，MAKER算是一个很强大的分析流程。能够识别重复序列，将EST和蛋白序列比对到基因组，进行从头预测...
Which source of annotation files to use, Ensembl or UCSC?...
id转换 读取差异分析结果 得到一个基因list和logFC 新增基因这一列 得到基因的entrezid
circRNA 十行代码搞定 1 下载GPL文件，代码本地下载均可 关键是文件的读取 mRNA 三种方法 方法1 ...
前面处理步骤之后，行名时官方格式，转换成对应的genesymble 操作步骤可见下文件夹 title: "基因ID...
在我们处理GEO数据时，最复杂的就是ID转换。有一些GPL平台的注释在R包，就可以直接调取进行转换，而很多新的GP...
本文标题：maker注释篇二(ID转换)
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/sqyxqhtx.html
网友评论