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学习小组Day3笔记--尤少林

学习小组Day3笔记--尤少林

作者: FSAE | 来源:发表于2020-04-12 18:39 被阅读0次

    下载Miniconda

    1. 下载地址:conda清华镜像
    2. 查看当前服务器多少位 uname -a
    3. 下载Miniconda。wget+空格+下载地址
      wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
      下载miniconda

    安装Miniconda

    运行上一步所下载的脚本文件(Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh)
    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

    激活Miniconda

    source ~/.bashrc

    添加conda镜像

    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    conda config --set show_channel_urls yes
    

    Miniconda的使用

    1. 查看Miniconda所包含的软件
      conda list
    2. 搜索软件与安装软件(fastqc)
      conda search fastqc
      conda install fastqc -y
    3. 卸载软件
      conda remove fastqc -y
      注:-y表示自动安装/卸载(默认安装/卸载最新版本)如果要指定版本号:conda install fastqc=0.11.7 -y

    创建不同的conda环境(conda Environment)

    1. 查看当前conda有哪些环境
      conda info --envs
      2.创建新的conda环境
      比如我们要处理转录组数据了,先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic
      conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
    2. 激活新的conda环境
      conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

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