学习小组Day3笔记--大羽

一、第三天教程思维导图

根据生信星球公众号第三天教程

二、需要了解的知识点

1.教程内容大纲（from 生信星球公众号）

linux如何安装软件？

--第一步，简单了解conda--“linux的应用商店”
--第二步，给你的服务器下载conda-我们用它的精华版--miniconda就可以。
--第三步，安装和配置miniconda
--第四步（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，其实安装软件很复杂，甚至有专门的一门课来讲这个，今天这里仅是入门操作。
--第五步（选修），不同的生信实战项目，需要定制conda的分身。

2.软件管理miniconda

最方便快捷的软件下载器，没有之一。它的作用就相当于App-store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。

几种conda软件间的关系图

来自生信星球公众号

3.下载使用wget命令

wget 下载链接

再根据下载到的文件进行安装

注：LINUX中复制粘贴是选中后用鼠标左键复制右键粘贴

还需要记得设置环境变量激活软件

bash ~/.bashrc

4.conda 软件的使用

软件安装 conda install
软件搜索 conda reserch

一些参数，如 -y 表示自动安装 等

5.conda 环境
每一个项目需要使用的软件种类、版本都可能不同，所以可以为不同的项目设置conda环境

conda create -n XX(名称) python=3（版本） 软件1 软件2 -y
conda activate XX *激活环境*

三、总结

生物信息学处理数据的本质是灵活运用各种软件，学会安装及管理软件是最基础的。