益生菌产业链上游主要可分为国际益生菌专利申请、益生菌原料销售与益生菌产品技术解决方案提供三类，全球益生菌产业链上游具有以下特点：
国际专利多为发酵菌种。数据显示，1985-2004 年间全球益生菌专利申请主要集中在植物乳杆菌（80 件）、干酪乳杆菌（68 件）和嗜酸乳杆菌（113 件）三种，均属于发酵用菌种。这一数据从侧面反映出发酵食品是益生菌产业中的开发重心。
从应用层面来看，益生菌专利多集中在乳制品加工制作、生物生长调节剂、医疗卫生以及生物酶等应用领域。从国家层面来看，已公开的3 种益生菌发明专利中，俄罗斯(含前苏联)持有71件，日本64件，美国36件，我国7件，可见国际益生菌专利申请基本由传统的研发强国垄断。
全球益生菌原料供应市场复合增长率约5.6%。2008 年全球益生菌菌粉、发酵液、胶囊等原料市场规模约7.9 亿美元，至2013年原料市场的规模增长到11 亿美元，CAGR 为5.6%。其中，作为酸奶制作中重要原料之一的乳酸杆菌整体销售额约占整体益生菌原料市场的61.9%。目前，全球益生菌原料供应前两名分别为丹麦科汉森与美国杜邦，根据年报，2016-2017 年科汉森发酵剂、益生菌及酶业务营收6.17 亿欧元，有机增长率稳定保持在7-8%；杜邦营养与生物科学销售收入由2016 年9.7 亿美元上升至2017 年28.12 亿美元，同比增长189.9%。
国内厂商另辟蹊径，提供差异化技术外包服务。目前，国内益生菌原料占比最大为美国杜邦（50%）与丹麦科汉森（35%）两家公司，约占国内整体原料市场85%，其余厂商约15%。国内厂商中，年产能及产值在千万规模以上的公司主要有江苏微康生物、北京科拓恒通、河北一然生物、上海润盈生物四家公司，2017年产值在1 亿元以上仅有江苏微康生物，该公司专业专注于益生菌的研发、生产及应用，值得关注。
益生菌产业链下游涉及食品、饲料、保健与益生菌原料多种领域。作为发酵食品、保健食品、药品、日化用品以及农畜牧等产业健康转型的探索方向，益生菌产业下游产品横跨发酵乳品、乳饮料、休闲零食、膳食补充剂、日化用品及动物饲料等多个领域，产品品类丰富。从应用角度出发，全球益生菌下游产品主要可分为功能性食品（85.9%）、保健食品和样品（8.6%）、益生菌原料（5.6%）三大类。
第一是由益生菌参与发酵的、后期添加活性功能食品，主要类别有酸奶大类、乳酸菌饮料、泡菜等，经过益生菌发酵后具有肠道润滑、调节血压血脂、增进消化等促进健康的效果。2013年，全球含有益生菌功能性食品市场价格约为170亿美元，预计2017年可达到400亿美元，5年年化复合增长率为18%。
第二是被赋予特殊功能特性的保健食品及药品。如益生菌奶粉、各类益生菌粉冲剂、整肠产品、促消化药物。2013年，全球益生菌膳食补充剂市场价值约为17亿美元，其中胶囊产品的销售额最大，占比约为75%。
第三是各种益生菌菌种原料、发酵果蔬汁、发酵乳原料，可用于循环生产，或作为市售果汁、酸奶的浓缩原料来源。
下游重点产业为益生菌发酵乳制品和益生菌保健食品。我国发酵乳制品的消费规模占国内益生菌整体市场的78.4%，是国内益生菌产业重要增长动力之一。保健食品面向亚健康人群人群。根据国家食品药品监督管理总局保健食品中心数据，截至2014 年5 月，我国已批准益生菌类保健食品为133个，约占已批准保健食品总数的0.9%，产品形态可涉及硬胶囊、片剂、口服液、饮料、粉及颗粒等多种形式。
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