1.8featureCounts

htseq实在太慢了，尝试一下featureCounts
1.下载安装
https://sourceforge.net/projects/subread/
或者

sudo apt install subread # 1.6.0 当前最新版为1.6.4
conda subread

2.参数相关

基础和htseq-count类似，-a *.gtf -o *.count -i *.bam featureCounts -h option分以下几部分，第一部分为索引相关 annotation 第二部分 2 第三部分 image.png 第四部分 image.png 第五部分 image.png 第六部分 image.png 第七部分 image.png 第八部分 image.png 第九部分 image.png 第十部分 image.png 第十一 image.png 第十二 image.png 第十三 image.png

先试试水：

featureCounts -T 6 -p -a gencode.v29lift37.annotation.gtf -o f4.txt 4h.bam

image.png
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速度虽然没有传说的快，但也很厉害了，看了一下可能限速的是硬盘，硬盘的使用率一直上不来，又要更新硬件了....