1. 安装mageck软件
mageck下载地址：https://sourceforge.net/projects/mageck/files/0.5/
tar -zxvf mageck-0.5.9.5.tar.gz
cd liulab-mageck-c491c3874dca
python3 setup.py install
注意，python应该要3.0以上的版本
2.使用mageck分析数据
首先整理sgRNA序列和基因名字到一个列表中
在linux命令行执行代码：
mageck count -l /xxx/xxx/CRISPR.sgRNA.txt -n xxx --sample-label "groupA1,groupA2,groupA3,groupB1,groupB2,groupB3" --fastq /xxx/s1.clean.fq /xxx/s2.clean.fq /xxx/s3.clean.fq /xxx/s4.clean.fq /xxx/s5.clean.fq /xxx/s6.clean.fq
mageck test -k xxx.count.txt -t groupA1,groupA2,groupA3 -c groupB1,groupB2,groupB3 -n xxx
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