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空间转录组之空间基因和细胞轨迹

空间转录组之空间基因和细胞轨迹

作者: 单细胞空间交响乐 | 来源:发表于2022-07-18 15:28 被阅读0次

    作者,追风少年i~

    hello,又是一周,新的开始,今天的内容简单,逻辑图如下

    Spatially-resolved transcriptomics profiles in multi-regional sites in patients with intrahepatic cholangiocarcinoma (ICC)

    大家可以看的出来,空间转录组运用的是BGI平台,Stereo-seq,研究的重点就是空间区域的细胞和基因轨迹。其实我们在分析空间转录组的时候通常可以识别到明显的界面,无论是肿瘤还是正常组织,如下图:

    图片.png

    其实也不止一次提到过这种界面分析在空间转录组的重要性。

    最开始的分析就是空间区域的细胞密度,这个可以参考文章10X空间转录组数据分析之空间细胞密度

    图片.png

    紧接着就是细胞的空间轨迹

    细胞空间轨迹示意图

    下图是分析的示例

    图片.png

    当然了,结合细胞的空间分布与显著性分析,更为直观

    Segmentation of margin areas and distinct features of immune cells and tumor cells at invasive fronts

    区域的差异可以表征功能差异,同时也体现了基因的空间轨迹

    图片.png

    空间轨迹分析真的是尤为重要

    空间轨迹分析

    边界部分永远是重点

    图片.png

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