作者,追风少年i~
hello,又是一周,新的开始,今天的内容简单,逻辑图如下
Spatially-resolved transcriptomics profiles in multi-regional sites in patients with intrahepatic cholangiocarcinoma (ICC)大家可以看的出来,空间转录组运用的是BGI平台,Stereo-seq,研究的重点就是空间区域的细胞和基因轨迹。其实我们在分析空间转录组的时候通常可以识别到明显的界面,无论是肿瘤还是正常组织,如下图:
图片.png其实也不止一次提到过这种界面分析在空间转录组的重要性。
最开始的分析就是空间区域的细胞密度,这个可以参考文章10X空间转录组数据分析之空间细胞密度,
图片.png紧接着就是细胞的空间轨迹
细胞空间轨迹示意图下图是分析的示例
图片.png当然了,结合细胞的空间分布与显著性分析,更为直观
Segmentation of margin areas and distinct features of immune cells and tumor cells at invasive fronts区域的差异可以表征功能差异,同时也体现了基因的空间轨迹
图片.png空间轨迹分析真的是尤为重要
空间轨迹分析边界部分永远是重点
图片.png好了,已经分享给大家了,生活很好,有你更好,百度文库出现了大量抄袭我的文章,对此我深表无奈,我写的文章,别人挂上去赚钱,抄袭可耻,挂到百度文库的人更可耻
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